В отношении «Книги премудрости Соломона» критики А.К. Сандберга заметили, что, во-первых, это сочинение было известно на Западе со времён Иринея Лионского, во-вторых, в «Каноне Муратори» и у Епифания Кипрского (а также у Иринея Лионского) оно не включается в состав Нового Завета, но лишь упоминается после списка подлинных книг Нового Завета в ряду книг сомнительной достоверности. Тем не менее, новые аргументы в пользу поздней датировки привёл в своей диссертации 1987 г. Дж. М. Ханеман. По его мнению, текст «Канона Муратори» появился около 375 г. в Сирии или Палестине. Гипотеза Сандберга-Ханемана была детально разобрана в ряде работ, авторы которых выдвинули против неё множество контртезисов, обосновывая традиционную датировку «Канона Муратори» периодом рубежа II и III вв. Было признано, что отсутствие канонических списков, датируемых раньше IV в. – слабый аргумент, поскольку, с одной стороны, «Канон Муратори» может быть древнейшим примером такого списка, с другой стороны, с точки зрения жанра, «Канон Муратори» не является в чистом виде списком библейских книг и имеет более сложную структуру. Перечисление Евангелий в общепринятом порядке (от Матфея, от Марка, от Луки, от Иоанна) и отсутствие осуждения апокрифических Евангелий также не являются, по мнению исследователей, признаками позднего составления «Канона Муратори»: такой порядок Евангелий встречается уже у Иринея Лионского. На раннюю эпоху написания указывает полемический характер раздела о Евангелии от Иоанна, для обоснования апостольского происхождения которого автор «Канона Муратори» прилагает дополнительные усилия (что вряд ли было бы необходимым, по мнению исследователей, в IV в.). Отсутствие у него сомнений в подлинности «Откровения Иоанна Богослова», а также упоминаний о «Послании к Евреям» (если только оно не фигурирует под именем «Послание к Александрийцам») указывают, по мнению исследователей, скорее, на западное происхождение. По мнению исследователей, в заглавии «Книги Деяний святых апостолов» в форме «Деяния всех апостолов» может угадываться полемический оттенок (критика Маркиона, который считал истинным апостолом только Павла) или указываться на знакомство автора с уже появившимися текстами апокрифических «Деяний отдельных апостолов» (сведения о путешествии апостола Павла в Испанию и о мученичестве Петра могут свидетельствовать, по мнению исследователей, о том, что автор «Канона Муратори» знал апокрифические «Деяния Петра» («Actus Vercellenses», однако их датировка также дискуссионная); также возможно, по мнению исследователей, что заглавие «Acta omnium apostolorum» – всего лишь результат ошибки писца, который повторил «omnium» из предшествующей строки, где есть выражение «omnium mirabilium»). Краткий перечень Посланий Павла (Первое  Коринфянам, Галатам, Римлянам) имеет параллели с так называемыми Маркионитскими прологами к Павловым Посланиям, но установить характер зависимости между ними исследователи не могут (Адольф фон Гарнак считал, что «Канон Муратори» вторичен, но при этом датировал Маркионитские прологи II в., однако ряд исследователей датируют их IV в. и считают зависящими от Амброзиастера). Исследователи отмечают, что представленный в «Каноне Муратори» ограниченный набор Соборных Посланий не имеет аналогов в других традициях, ни на Востоке, ни на Западе.