Лудовико Муратори считал, что автором «Канона Муратори» является пресвитер Гай (Гаий). В XIX – начале XX вв. предполагались также в качестве авторов Папий, Егесипп, Поликрат Эфесский, Климент Александрийский, Римские епископы Виктор I и Зефирин. Однако все эти гипотетические атрибуции были отвергнуты как не подкреплённые весомыми аргументами. Многие учёные считали автором текста Ипполита Римского, поскольку он был грекоязычным писателем, работавшим на Западе, и в отличие от Гая относился к «Откровению» апостола Иоанна как к подлинному. Однако Ипполит Римский принимал и «Послание к Евреям», которое не упоминается в «Каноне Муратори». Окончательно от этой гипотезы отказались, когда на основании новых синайских находок было доказано, что приписываемое Ипполиту Римскому сочинение «Главы против Гаия», в котором имеются параллели с «Каноном Муратори», является псевдоэпиграфом VI в. Ещё одним предполагаемым автором может быть мученик Викторин, епископ Петавский, в чьём «Толковании на Апокалипсис» есть параллель с «Каноном Муратори». Иероним Стридонский сообщал, что Викторин Петавский знал греческий язык лучше, чем латинский, хотя писал на латыни. Исследователи не исключают, что он был знаком с текстом «Канона Муратори» только на греческом языке. По мнению Дж. Дж. Армстронга, мученик Викторин Петавский сам составил «Канон Муратори». Дж. Дж. Армстронг собрал множество косвенных аргументов в пользу своей гипотезы. Например, мученик Викторин Петавский мог признавать (как и автор «Канона Муратори») подлинность «Апокалипсиса Петра». Исследователи полагают, что «Канон Муратори» был прологом несохранившегося толкования Викторина Петавского на Евангелие от Матфея, которое было известно епископу Хромацию. Если так, то «Канон Муратори» следует датировать приблизительно 258–260 гг. Однако большинство аргументов Дж. Дж. Армстронга строится на допущениях (в частности, приписывании Викторину Петавскому ряда других анонимных сочинений). Против авторства Викторина Петавского исследователям говорит и то, что он признавал подлинность «Послания к Евреям» (хотя взгляды самого Викторина Петавского могли эволюционировать, да и известный сейчас текст «Канона Муратори» мог быть повреждён). В любом случае, сочинение Викторина Петавского исследователи считают самым ранним свидетельством существования «Канона Муратори». Долгое время главным основанием для датировки памятника служило содержащееся в нём указание на то, что Ерма написал «Пастырь» «недавно в наши дни» («nuperrime temporibus nostris»), когда его брат Пий был епископом Рима (142 (или 146) – 157 (или 161 гг.)). Исследователи полагают, что если ссылка на Ерму не является интерполяцией переводчика, то «Канон Муратори» мог быть написан не позднее конца II в. или начла III в. (к III в. больше склоняются те исследователи, кто обращают внимание на упоминаемые в «Каноне Муратори» ереси). Исследователи полагают, что «Канон Муратори» отражает полемику относительно происхождения и подлинности «Пастыря». В ранней церкви было распространено мнение о том, что Ерма был современником апостолом Павла и упоминается им в Послании к Римлянам (Рим 16:14), а значит, его сочинение может претендовать на апостольское происхождение, и его следует читать в церкви.