Среди спорных исследователи называют сочинения «О посте» и «Послание Николаю». Произведение «О посте» включается в корпус произведений Марка Пустынника в большинстве греческих рукописей и упоминается как сочинение Марка Пустынника Константинопольским патриархом Фотием I. Сочинение существует также на сирийском языке, но приписывается монаху Маркиану (аргументированно переатрибуировал сочинение монаху Маркиану Ж. Лебон). «Послание Николаю» исследователи часто встречают в греческих рукописях в составе корпуса Марка Пустынника; цитируется под именем Марка Пустынника Константинопольским патриархом Фотием, однако отсутствует в древнем сирийском переводе корпуса сочинений Марка Пустынника. Исследователи отмечают, что в тексте есть стилистические и тематические отличия от других сочинений Марка Пустынника. Де Дюран выдвинул гипотезу о позднем происхождении «Послания Николаю». В «Послании Николаю» упоминается чудесный случай спасения автора и адресата в морском путешествии из святых мест в Константинополь; автор говорит о себе как об отшельнике, живущем рядом с Анкирой (ныне Анкара, Турция). Существует древнегрузинский перевод «Послания Николаю». Сочинение входит в состав славянского «Добротолюбия» (М., 1793 г.).