Древний славянский перевод сохранился в рукописях XIV–XV вв.; славянский перевод преподобного Паисия Величковского входит в состав «Добротолюбия» (М., 1793 г.). Трактат «О покаянии» носит полемический характер, среди своих оппонентов Марк Пустынник выделяет новациан. Марк Пустынник постулирует возможность и необходимость покаяния после крещения, поскольку само крещение является предпосылкой покаяния. Покаяние необходимо всем, включая святых, т.к., «происходя от Адама, все родились под грехом преступления». Покаяние должно стать постоянным состоянием христианина и проявляться в трёх действиях ума: в очищении помыслов, непрестанной молитве и терпении скорбей (сочинение переведено на сирийский (перевод не издан), арабский (издан) и частично на грузинский языки (не издан). Догматический трактат «О Крещении» составлен в жанре вопросоответов. Марк Пустынник не называет своих противников (по сообщению Бабая Великого, Марк Пустынник полемизирует с мессалианами). Карл Ранер установил, что одним из сочинений, которые опровергает Марк Пустынник в трактате, является мессалианское сочинение «Труд, полезный всякому христианину», сохранившееся под именем Иеронима Стридонского. Согласно мессалианскому учению, крещение и евхаристия имеют второстепенное значение в жизни христианина. Главное место занимает духовный подвиг, который является центром христианской жизни и условием действительности церковных таинств. В противоположность утилитарному пониманию таинств Марк Пустынник настаивает на том, что центром христианской жизни является единение с Христом, открывающееся через крещение и осуществляющееся в евхаристии. Посредством таинства крещения человек освобождается от первородного греха вопреки мнению, что «древний грех отнимается через подвиги». Марк Пустынник говорит о парадоксе крещения, которое «совершенно, но не делает совершенными», если не исполнять заповедей. В понимании Марка Пустынника сила греха после крещения столь велика в человеке из-за любви к греху, а не потому, что грех остаётся внутри него. Марк Пустынник делает акцент на том, что соблюдение заповедей и духовные подвиги имеют вторичную роль как способ сохранить благодать крещения и достичь совершенства, дорога к которому открыта в крещении. Э. Петерсон и О. Хессе предположили, что другим возможным оппонентом Марка Пустынника был автор Макариевского корпуса. Эта гипотеза основывается на параллелях между «Посланием Николаю» Марка Пустынника и «Великим посланием», которое приписывается Макарию Великому, однако авторство Марка Пустынника «Послания Николаю» ныне оспаривается.