Исследователи отмечают, что аргументация в антимессалианской полемике Марка Пустынника отличается от доводов его позднего современника Диадоха Фотикийского. Сочинение «О Крещении» переведено на сирийский (перевод не издан) и арабский (издан) языки. Краткое сочинение Марка Пустынника «Советы ума своей душе» посвящено теме действенности таинства крещения и антимессалианской полемике. Существует предположение, что это произведение Марка Пустынника является ранним «эскизом» его трактата «О крещении», поскольку в последнем получили более уверенную трактовку некоторые темы, слабо аргументированные в «Советах ума своей душе». Марк Пустынник упрекает своих оппонентов в тщетности мистических исканий будущего Небесного Иерусалима, который как церковь уже дан каждому при крещении. Отрывок , в котором даётся аллегорическое толкование грехопадения Адама в применении к подвигу христианина, цитируется в экзегетических катенах под именем Оригена (этот же отрывок имеет точное соответствие в рукописи). Марк Пустынник говорит об Адаме и Еве в раю как об «образе» современного христианина, который поселяется в раю после «нового рождения», т.е. крещения, однако может потерять рай из-за нового преступления (соблюдение «духовного закона», т.е. заповедей, призвано сохранить христианина в «раю Церкви»). Сочинение переведено на сирийский (перевод не издан), арабский (издан) и грузинский (не издан) языки. «Опровержение схоластику» написано в жанре диалога. Состоит из двух частей: в первой старец отвечает на вопросы юриста или адвоката, во второй беседует с иноками, слушавшими предшествующую беседу. Адвокат упрекает христиан в том, что они бездеятельны и устраняются от участия в работе общественных институций, в частности, избегают судов (де Дюран предположил, что в данном случае подразумевается практика мессалиан). Марк Пустынник не отвергает справедливость фактической части этих обвинений, однако говорит об идеологической причине того, что христиане уклоняются от судов и бездействуют в восстановлении социальной справедливости: при решении спорных вопросов христиане руководствуются евангельским законом, а в Евангелии заповедано прощать обидчиков. Юрист также высказывает своё недоумение по поводу различия между философским познанием и христианской аскетической гносеологией. Старец в ответ указывает на принципиальный элемент христианской гносеологии, который заключается в том, что она построена на молитве как обращении к Источнику истинного знания, Богу.