Среди подлинных исследователи называют «О духовном законе» (собрание сентенций), «О думающих оправдаться делами» (собрание сентенций), «О покаянии», «О Крещении», «Советы ума своей душе», «Опровержение схоластику», «О Мелхиседеке», «Против несториан», «О посте», «Послание Николаю». Исследователи отмечают, что учение о «духовном законе» (ср.: Рим. 7:14), объединяющее все подлинные тексты Марка Пустынника, наиболее полно излагается в сочинении «О духовном законе». Духовный закон в понимании Марка Пустынника – это соблюдение христианских заповедей, среди которых он упоминает непрестанную молитву. Подлинное познание вещей возможно при условии деятельного очищения своего сердца (память о Боге является критерием истинности знания). Марк Пустынник считает молитву и чтение Священного Писания элементами духовного подвига. В древнем сирийском переводе (не издан) сохранилась особая сентенция, включённая также в древний арабский перевод. Существует неизданный грузинский перевод, содержащий некоторые сокращения в сравнении с греческим текстом. В 1996 г. Б. Качински-Гамильтон идентифицировала латинский перевод фрагмента в греко-латинской рукописи IX в. В рукописи сохранился неизданный комментарий восточно-сирийского автора Бабая Великого на сочинение Марка Пустынника «О духовном законе». В комментарии обобщается аскетическая антропология Марка Пустынника. Произведение «О духовном законе» входит в состав славянского «Добротолюбия» (М., 1793 г.). «О думающих оправдаться делами» – собрание сентенций, в которых Марк Пустынник говорит о необходимости возвышения над чувственным для достижения подлинного знания, т.е. познания Бога. Затрагивая вопрос о первородном грехе и воздействии его на христианина, Марк Пустынник указывает на то, что признаком всеобщности первородного греха является смерть. После принятия таинства крещения продолжает действовать сила греха, которую верующий ослабляет покаянием. При соблюдении заповедей в человеке действует благодать Божья, которую он получил в крещении. Благодать Божья помогает христианину в его духовном подвиге, питая его, словно «дождь землю». О. Хессе установил параллели между фрагментами 135–136, 154 и 38-м Словом Макариевского корпуса (собрание типа II). В древнем сирийском переводе (не издан) сохранилась особая сентенция, включённая также в древний арабский перевод. Исследователи отмечают, что существует неизданный грузинский перевод, в котором сочинение разделено на три Слова. В сирийской рукописи сохранился комментарий Бабая Великого.