Во второй части сочинения Марк Пустынник сосредоточивает внимание на проблеме теодицеи, поднятой и оставленной незавершённой в первой части; подчёркивает, что Бог не является причиной страданий, ею является сам человек, если совершает беззаконие. Из этого правила исключаются страдания Христа, Который «воспринял страдания ради нас... через Своё непорочное тело» для того, чтобы научить человека переносить страдания. В древнем сирийском (не издан) и арабском (издан) переводах сохраняется заключительная часть сочинения, отсутствующая в греческом оригинале. Полемический трактат «О Мелхиседеке» направлен против мелхиседекитов, приверженцев полугностической ереси, которые видели в ветхозаветном Мелхиседеке одно из воплощений Слова Божия и умаляли значение Христа. Константинопольский патриарх Фотий I высказывает сомнения в чистоте православия автора трактата, хотя и не называет крайность, в которую, по его мнению, впадает Марк Пустынник при опровержении ереси мелхиседекитов (исследователи высказывали предположения об апполинаристской и монархианистской терминологии трактата). Действительно, терминология трактата сохраняет некоторые архаичные черты, характерные для христологических сочинений конца IV в., в частности, о Воплощении Марк Пустынник говорит как о единении Бога Слова и тела (в тексте трактата отсутствует выражение «Сын Божий»; упоминается, но не цитируется первый Вселенский собор 325 г.). Сохранился древний сирийский перевод (не издан); есть неизданные переводы на русский язык). В догматическом трактате «Против несториан» («О Воплощении») Марк Пустынник излагает христологическое учение в рамках антинесторианской полемики. Исследователи отмечают, что для богословской терминологии сочинения характерна определённая архаичность. В нём есть элементы малоазийской христологии, например, употребление термина «плоть» для обозначения человеческой природы Христа. В трактате используются элементы вероучительной формулы Халкидонского Собора: «...Неслитно, неизменно, нераздельно, неразлучно». Марк Пустынник избегает употребления термина «Богородица». Избегая термина «лицо», широко пользуется термином «ипостась», особенно в сочетании «по ипостаси». Марк Пустынник свободно прибегает к термину «природа» для описания божественной и человеческой природ Христа; говорит об ипостасном соединении двух природ во Христе. Ипостасное разделение во Христе, по его мнению, ставит под сомнение действенность искупления. Марк Пустынник цитирует символ веры, близкий к символу Антиохийского Собора 341 г. На русский язык трактат был переведён дважды.