Константинопольский патриарх Фотий I (IX в.), в 200-м кодексе «Библиотеки» упоминает и цитирует восемь сочинений Марка Пустынника (число 8 сохранилось также в пинаксе «Библиотеки»). В сообщении, которое относится к более поздней редакции «Библиотеки», патриарх Фотий добавляет сведения о девятом сочинении Марка Пустынника, а также отмечает несовпадение в порядке текстов Марка Пустынника в известных ему рукописях. Патриарх Фотий также сравнивает язык творений Марка Пустынника с языком сочинений Диадоха Фотикийского и упрекает Марка Пустынника в отступлениях от аттического диалекта и в неясном стиле. Никифор Каллист Ксанфопул сообщает о том, что ему были знакомы сорок произведений Марка Пустынника (в связи с этим выдвигалась гипотеза о том, что Никифору Каллисту Ксанфопулу встречалась рукопись Макариевского корпуса (см. ст. Макарий Великий) под именем Марка Пустынника). Печатные издания сочинений Марка Пустынника начали выходить с середины XVI в. В 1531 г. В. Опсопоэус опубликовал с латинским переводом два произведения Марка Пустынника: «О духовном законе» и «О думающих оправдаться делами». Первое претендующее на полноту собрание трудов Марка Пустынника было издано в Париже Ж. Пико (в него помимо уже изданных В. Опсопоэусом трактатов (перепечатанных без существенных изменений) вошли сочинения «О покаянии», «О крещении», «Советы ума своей душе», «Опровержение схоластику», «Послание Николаю»). В XVII в. это издание и вышедший отдельно от него латинский перевод были переизданы с некоторыми исправлениями и дополнительными примечаниями Ф. дю Дюком. В XVIII в. Б. Ремондини опубликовал два не издававшихся раньше сочинения Марка Пустынника («О Мелхиседеке» и «О посте»), которые затем были переизданы в составе нового собрания трудов Марка Пустынника, подготовленного А. Галланом (Галланди) для серии «Библиотека древних отцов». Независимо от западных исседователей Никодим Святогорец в составе греческого «Добротолюбия», вышедшего в 1782 г. в Венеции, издал по афинской рукописи три сочинения Марка Пустынника: «О духовном законе», «О думающих оправдаться делами» и «Послание Николаю». В 1864 г. сочинения Марка Пустынника были опубликованы в составе «Греческой патрологии» Жака Поля Миня на основе изданий Ж. Пико и А. Галлана. В 1891 г. Афанасий Иванович Пападопуло-Керамевс впервые издал не известный раньше трактат «Против несториан» (в 1905 г. он был переиздан Дж. Коцца-Луци с учётом новооткрытой рукописи). Критическое издание трудов Марка Пустынника было выпущено канадским исследователем Жильбером М. де Дюраном. Оно основано на всех известных исследователям греческих рукописях с учётом древнего сирийского перевода (два тома этого издания впервые объединяют все аскетические и догматические сочинения Марка Пустынника, изданные в разное время и в разных местах). Сочинения Марка Пустынника уже в древности были переведены на сирийский, арабский и грузинский языки. Существует древний славянский перевод некоторых сочинений Марка Пустынника в рукописях XIV–XV вв. (он остаётся неизученным). Поздний славянский перевод Паисия (Величковского) входит в состав славянского «Добротолюбия» (М., 1793 г.). На русский язык некоторые сочинения Марка Пустынника были переведены и опубликованы протоиереем Герасимом Павским в 1821–1834 гг. В 1858 г. был издан подготовленный издательством Оптиной пустыни сборник «Преподобного и богоносного отца нашего Марка Подвижника нравственно-подвижнические слова» (по мнению исследователей, Слова 7 и 10 данного издания не принадлежат Марку Пустыннику); в собрание не вошли сочинения Марка Пустынника «О Мелхиседеке» и «Против несториан».