Традиционную идентификацию автора третьего Евангелия и книги «Деяния святых апостолов» как спутника апостола Павла исследователи подвергали сомнению на том основании, что некоторые особенности провозвестия апостола Павла у Луки, а также ряд приводимых им исторических фактов противоречат Посланиям Павла. Так, описывая Апостольский Собор в Иерусалиме (Гал. 2:1–10), апостол Павел не упоминает о миссии Петра к язычникам, но, напротив, проводит параллель между своей проповедью язычникам и проповедью апостола Петра евреям (Гал. 2:8). Пётр наряду с Иаковом и Иоанном выступает для него в качестве высочайшего авторитета, но Павел говорит только об оценке, которую Пётр дал его миссионерским усилиям, и не ссылается на проповедь Петра Корнилию, которая в «Послании к Галатам» была бы весомым аргументом против «иудействующих». В книге «Деяния святых апостолов», напротив, начало миссии к язычникам связывается именно с апостолом Петром. Именно речь Петра цитируется при описании Апостольского Собора в Иерусалиме (Деян. 15:7–11), в то время как упоминание о Павле ограничивается указанием на чудеса, совершённые им и Варнавой у язычников, без какого-либо намёка на его тщательно разработанную богословскую систему. Заключительная речь Иакова (Деян. 15:13–21), которая, согласно описанию Луки, фактически определила решение Иерусалимского Собора, тоже опирается на свидетельство апостола Петра, а не Павла. Наконец, само постановление Апостольского Собора, приведённое Лукой, не цитируется апостолом Павлом, хотя оно имело бы решающее значение для его полемики. В свою очередь, слова Павла в Гал. 2:9–10 («Иаков и Кифа и Иоанн, почитаемые столпами, подали мне и Варнаве руку общения, чтобы нам идти к язычникам, а им – к обрезанным, только чтобы мы помнили нищих») не имеют соответствия в Деян. 15:23–29. В числе других аргументов этого типа приводят указание Луки на то, что Павел обрезал Тимофея «ради Иудеев» (Деян. 16:3), противоречащее категоричной позиции самого апостола по этому вопросу («не подвергайтесь опять игу рабства…, если вы обрезываетесь, не будет вам никакой пользы от Христа» – Гал. 5:1–2; «вкравшимся лжебратиям, скрытно приходившим… поработить нас, мы ни на час не уступили и не покорились» – Гал. 2:4–5). Кроме того, Лука называет «апостолами» в собственном смысле слова только членов группы Двенадцати, в то время как к Павлу (наряду с Варнавой) это название прилагается только два раза (Деян. 14:4, 14) в его буквальном значении – «посланный» (речь идёт о предписании «отделить Павла и Варнаву» на служение, к которому их призвал Бог, – Деян. 13:2–3). Для Павла же это название было характеристикой всей его миссии, и титул «апостол» содержится в надписании Посланий Павла к Римлянам, первого к Коринфянам и к Галатам.