И.В. Лопухин добился оправдания невинных Сенатом, но, к удивлению своему, узнал, что победа его вызвала смех товарищей. «Странно, – писал он по этому поводу, – оправдания мёртвого Каласа читают с восторгами, а что свои беспокровные бедняки живые сидели в тюрьмах и пытаны – это дело кажется очень не важным. Неужели оттого, что там Вольтер, Калас и Франция, а здесь Джантемир-мурза, поселяне Мухин с Гласовым и русская Таврида? Впрочем, я удивляюсь, как можно защиту невинности и великим делом почитать. Это должно быть самое натуральное. Не защитить невинность, когда можно, есть адская холодность, хуже злодейства, имеющего какое-нибудь побуждение». Многие укоряли И.В. Лопухина за беспорядки, произвол и в особенности за медленный ход работы в «крымской комиссии»: говорили, что он затягивает дело, потому что ему выгодно жить и властвовать в Крыму: «И сие писали, – замечает И.В. Лопухин, – когда я по самой убедительной моей просьбе об увольнении уже получил предварительное согласие государя». Сурово осуждал И.В. Лопухина его преемник Дмитрий Борисович Мертваго. По его словам, «явные отзывы И.В. Лопухина, что он прислан защитить угнетённых, манили к нему толпами людей. Мелкие прежние судьишки, секретари и подьячие, завидуя получившим имения, и знавшие все их пакости, открывают своё ремесло, пишут всем прошения. Сенатор, без прочтения от всех принимающий, накопил необъятную кипу бумаг, нагрузил комиссию балластом более, нежели было в Ноевом ковчеге. Помещики, кои побогатее и поболее прочих виноватые, приметя склонность сенатора к пьянству и чванству, сопутствуя ему и угождая, приобрели его благорасположение. Он нашёл правила комиссии неудобными для исполнения, уехал на целый год в Петербург и привёз оттуда дополнения, коими укоренились права помещиков, для поселения людей не имеющих. Крым терпел больше прежнего. Хозяйство остановилось. Медленность комиссии и порядок, несносно отяготительный, причиною, что в три года её существования ни одного дела не решено и даже половины бумаг не разобрано и не прочтено». На этот упрёк И.В. Лопухин отвечает: «Считали, что от меня медленно идёт дело комиссии, но я уже скоро четыре года, как оставил её, а она ещё, кажется, не близка к своему окончанию». Однако во всех этих нареканиях была и значительная доля правды. И.В. Лопухин внушал членам комиссии, что «они несут труд чрезмерный, что комиссия эта тяжёлая, четырнадцать лет существовать долженствующая, достойна великого внимания и милости государевой»; видя, что приближается конец комиссии, её члены начали противиться новому начальнику: «Никто ничего не стал делать; на всяком шагу споры, голоса; словом, совершенная остановка». Члены комиссии дорожили большим жалованьем и столовыми деньгами. Сам И.В. Лопухин получал, кроме жалованья по чину, ежемесячно 500 руб. столовых, да на путевые издержки ему выдано было 5000 руб. Покидая комиссию, И.В. Лопухин хотел удержать столовые. Запутавшись в долгах и чувствуя, что ему необходимо уехать из Крыма, он представил государю через графа Виктора Павловича Кочубея обширную докладную записку, в которой подробно изложил всю историю своих долгов. Не считая себя «охотником до денег», мотом или игроком, он указывал, что «не только не любил делать пиров и праздников и никогда не давал их, но, может быть, даже всегда был против их предупреждён».