Предлагаемая Лонерганом в книге «Метод в теологии» концепция богословия определяется, с одной стороны, самой структурой человеческого познания и местом, занимаемым в этой структуре познанием трансцендентной реальности; с другой стороны, той ролью, которую призвано играть богословие в культуре. Говоря о человеческом познании, Лонерган обращает особое внимание на момент, обычно ускользающий от гносеологов: на преображение, обращение самого познающего человека, на трансформацию в его сознании. Лонерган различает уровень недифференцированного сознания, или здравого смысла – бытовой уровень, на котором развёртывается повседневная жизнь, и уровни дифференцированного сознания, обретающего в ходе обучения, интеллектуальных и моральных усилий, малых и больших озарений способность дифференцировать реальность, т.е. не только постигать её из-за её важности для познающего и отношения к нему, но и усматривать внутренние характеристики и связи вещей и людей. На первой ступени дифференцированного сознания, соответствующей естественнонаучному и математическому познанию, человек научается постигать внутреннюю суть и взаимосвязи внешних предметов и свойств; на второй ступени (ступени гуманитарного знания и философии) учится постигать реальность в её психологическом, духовном и социальном измерениях; на третьей – подступает к трансцендентной реальности. Через эти этапы внутреннего роста сознания ведут трансцендентальные, т.е. сквозные, вопросы: что? как? почему? зачем? Человеческая ограниченность сказывается в том, что вопросов всегда можно задать больше, чем получить ответов. Но эта разность потенциалов между способностью задавать вопросы и получать ответы в то же время оказывается той силой, которая заставляет подниматься на всё более высокие уровни дифференциации сознания. На этой лестнице богословие занимает место на верхней ступени. Но в плане естественного познания нет прямого и непосредственного доступа к трансцендентной реальности. К ней невозможно прикоснуться только через экстраполяцию знания о самих себе и о мире. Другими словами, чтобы подняться до той ступени развития сознания, на которой возможно богословие, требуется долгий обходной путь через последовательные уровни внутреннего роста. При этом гуманитарное знание, знание о человеке, становится возможным именно на ступени, непосредственно граничащей с уровнем трансцендентного знания, и служит основанием для него. Своеобразие гуманитарного знания, по мнению Лонергана, проявляется в сравнении с точными и естественными науками. Хотя любая наука создаётся личными человеческими усилиями, результаты естественнонаучного познания сравнительно легко объективируются и универсализируются. Физические, химические и прочие теории отделяются от своих создателей и живут собственной жизнью. Иное дело – гуманитарное знание. Оно в гораздо меньшей степени поддаётся объективации. Личность учёного-гуманитария, исследователя, философа неизбежно вписана в самый результат его труда. Но если гуманитарное познание вовлекает человеческую личность и преобразует её, выводя на более высокий уровень дифференцированного сознания, то и богословие, для которого оно служит основанием, разделяет с ним это общее свойство. Полная объективация здесь недостижима, потому что основной категорией гуманитарных наук и богословия в отличие от естественных или математических наук выступает смысл.