Эти четыре направления богословской работы структурно представляют собой типичные операции, стандартные методы частных гуманитарных наук исторического профиля. При выполнении сугубо богословской задачи богословие здесь работает теми самыми инструментами, которыми работают гуманитарные науки, и других инструментов у него, как у человеческого и в этом смысле сугубо «естественного» занятия, нет и не может быть. Усвоение и осмысление традиции позволяют богослову перейти ко второй задаче – встретить лицом к лицу проблемы настоящего, заговорить от первого лица, приступить к богословию в прямой речи. В этой фазе Лонерган выделяет другую четвёрку специализированных операций, или функциональных специализаций, богословия: фундирование, доктрины, систематика и коммуникация. Под фундированием понимается осмысление горизонта, в котором совершается экзистенциальное обращение человека, выход на уровень трансценденции. Это осознание конечности человека, необходимости безусловного основания для всего того, что переживается и осмысляется как обусловленное, выработка фундаментальных богословских категорий. Фундирующий момент богословской работы внутренне и существенно соотносится с работой философской. В нашей культурной матрице богословие соотносится не с любой философией, а с философией экзистенциального плана, обращённой к человеческой интериорности. Задача фундирования выполнима здесь только при условии, что был достигнут философский уровень дифференциации сознания, что обретён опыт, навык, накоплены озарения, связанные с философским осмыслением человеческой реальности. Богословие как фундирование разделяет с философией экзистенциального типа общие категории, общий язык, общие способы обоснования. Под доктринами Лонерган понимает утверждение фактов и ценностей, относящихся к религиозной вере. Под систематикой – концептуальные системы, в рамках которых выражаются эти факты и ценности, выстраивается их внутренняя связность, устанавливаются аналогии между ними и более привычным опытом. Богословие опять-таки обнаруживает внутреннюю и существенную соотнесённость с философией: с этикой, аксиологией. Лонерган вновь видит здесь общность понятийного и категориального инструментария, общность языка описания, концептуальных схем и мыслительных ходов. Под коммуникацией Лонерган понимает разнообразные способы трансляции богословского знания в культуре. Чтобы применять наиболее эффективные из этих способов, необходимы глубокое знание культуры, внутри которой приходится работать богослову, тесное сотрудничество со спектром наук культурологического круга. Таким образом, в концепции Лонергана богословие не просто связано с гуманитарной сферой в качестве вспомогательного материала, который может быть полезен при решении частных задач. Эта связь гораздо глубже. Сама функциональная структура богословия как человеческого начинания, осуществляемого в соответствии с определённой культурной матрицей и внутри неё, воспроизводит в себе структуру и методы гуманитарных наук и философии. Безусловно, с содержательной стороны богословие имеет собственный предмет, отличный от предмета любой другой разновидности гуманитарного знания: этот предмет – трансцендентная реальность и отношения между ней и человеком. Но поскольку непосредственного доступа к этой реальности нет, приблизиться к ней возможно только через толщу знания о мире и человеке, опосредованного смыслом, а значит – знания гуманитарно-философского.