В 1777 г. было упразднено Ксанское эриставство; княжеские земли отошли наследнику престола царевичу Георгию (впоследствии царь Картли-Кахети Георгий XII). Приказом от 1778 г. он подтвердил иммунитет Ларгвиси, запретил придворным отчуждать от монастыря принадлежавшие ему в бывшем эриставстве земли и крестьян; из пяти лососей, выловленных в реке Ксани, одного жертвовали монастырю. Сохранились Четвероевангелия, преподнесённые царевичем Ларгвиси. Бывшие владетели также не оставили попечения о монастыре. В 1781 г. княгиня Мариам Эристави подарила Ларгвиси «Цветную Триодь», пропавшую из монастыря и долгое время считавшуюся утраченной. В грузинских источниках второй половины XVIII в. Ларгвиси именуется как ставропигиальный монастырь, настоятель имел сан архимандрита («Список разорённых монастырей Картли и Кахети», 1770 г.; грамота Давида (III) архимандриту Герману, 1761 г.; надпись на иконе Божьей Матери, 1762 г.), однако исследователям не известно, когда и при каких обстоятельствах Ларгвиси перешёл в прямую юрисдикцию католикосов-патриархов Восточной Грузии. Последним настоятелем Ларгвиси был архимандрит Пафнутий (Хозиашвили). По сведению Платона Игнатьевича Иоселиани, в 1802 г. он был также возведён в сан архимандрита монастыря Тири. Во время антироссийского восстания грузинских горцев 1804 г. архимандрит Пафнутий был отправлен российскими военными властями для переговоров с восставшими. Горцы приняли пророссийски настроенного архимандрита враждебно и взяли в плен. Царевич Парнаоз, один из руководителей восстания, освободил его, но держал при себе. Эта история легла в основу его автобиографического сочинения «Описание страстей архимандрита Ларгвиси Пафнутия» (Институт рукописей имени Корнелия Кекелидзе). После подавления восстания архимандрит Пафнутий служил послом мегрельского князя Григола Дадиани (1770–1804 гг.) в России, за успешную миссию был хиротонисан – получил сан архиепископа и управлял Моквской епархией Абхазского (Западногрузинского) католикосата. В 1811 г. вместе с княгиней Ниной Дадиани переехал в Москву. После упразднения автокефалии Грузинской православной церкви (1811 г.) Ларгвиси был преобразован в приходскую церковь. Имущество Ларгвиси постепенно расхищалось, особенно во второй половине XIX в. Александр Соломонович Хаханов, посетивший Ларгвиси в начале 1890 гг., отмечал, что некогда богатый Ларгвиси «сохранил... одни жалкие остатки..., некоторые из вещей погибли весьма недавно». Он указал, что не осталось ни одного памятника, восходящего к концу XV в. или к началу XVI в., «древнейшее пергаментное Евангелие ещё и ныне хранится в Ларгвисском монастыре, но священник почему-то скрывал его от нас…, виденный Броссе в 1848 г. крест св. Георгия с большою надписью о Давиде (III) в Ларгвиси ныне уже не оказывается». Церковь во имя великомученика Феодора обветшала и значительно пострадала в ходе антирелигиозной кампании начала 1920 гг.: окна в барабане были разбиты, черепичное перекрытие проломлено. В 1923 г. Ларгвиси был разграблен, бесследно исчезли две иконы великомученика Феодора Тирона и икона святых Петра и Павла. Медное блюдо с надписью эристава Шалвы Квенипневели и украшения с иконы великомученика Феодора перенесли в Цхинвальский музей, а закопанный в земле архив монастыря (книги, документы) сгнил. В 1975 г. Специальным научно-предпринимательским объединением охраны памятников Грузии были проведены реставрационные работы в церкви во имя великомученика Феодора (архитектор Г. Николаишвили). В 1989 г. храм был передан церкви, возобновилось богослужение. В 2006 г. Ларгвиси был присвоен статус Национального памятника Грузии.