В 1470 г. эристав Шалва (II) «определил» настоятелем Ларгвиси Георгия (Журули). В грамоте 1460 г., выданной царём Георгием VIII иеромонаху Георгию, род Журули был назван «побережником» Цхрадзмисхеви, «сыном и владетелем» монастыря и крепости Ларгвиси. В церкви во имя великомученика Георгия в селе Цирколи сохранилась поминальная надпись Журули, которого исследователи отождествляют с настоятелем Ларгвиси Георгием. Исследователи полагают, что село Цирколи также находилось во владении Ларгвиси. Настоятель Георгий (Журули) упомянут в поминальной записи Гергетского синодика. Перед ним стоит имя настоятеля Шио (Ломисдзе) – как полагают исследователи, его предшественника в Ларгвиси. Согласно источникам XIV – начала XV вв. («Памятник эриставов», «Документ поступлений Самтависской паствы»), Ларгвиси в это время находился в юрисдикции самтавнели – епископа Самтависского. В конце XVI – начале XVII вв. резиденция ксанских эриставов была перенесена из Квенипневи в Ахалгори, а усыпальница – из Ларгвиси в монастырь Икорта. О судьбе Ларгвиси на протяжении XVI–XVII вв. исследователям почти ничего не известно. В середине XVI в. эристав Иесе (I) пожертвовал Ларгвиси общину Куртай и село Цихиа (у истоков реки Чурта, к северу от села Велиса), а его сын и преемник Квенипневели (II) (1607–1614 гг.) в 1607 г. вернул храму «Цветную Триодь», которая была утеряна вследствие нападения хевсуров на Ксанское эриставство в 1545 г. Из духовных лиц того времени упоминается священник Захария из Ларгвиси. В начале XVIII в. настоятелем монастыря был Гавриил: из купчих грамот, приписанных к «Ларгвисскому Четвероевангелию», исследователям известно, что он приобрёл сельскохозяйственные угодья для Ларгвиси. Его современником был эристав Шанше (1720–1741, 1747–1753 гг.); между 1721–1741 гг. он воздвиг в Ларгвиси крепость, пожертвовал храму икону великомученика Георгия (1732 г.), заказал оклад для иконы великомученика Феодора Тирона (1750 г.), вернул монастырю утраченные земли. Ларгвиси жертвовали и вассалы эриставов: в 1738 г. назири (дворецкий) ксанского эристава Гиорги Гундисшвили выкупил у татар «Ларгвисский Параклитик» и возвратил храму, а местумре (смотритель за столом) Китеса подарил церкви так называемый крест великомученика Георгия (очевидно, крест с изображением святого). В 1723 г. из-за нашествия турок на Восточную Грузию в Ларгвиси были спрятаны сокровища патриаршего кафедрального собора Светцховели: венец, три иконы, в том числе Анчийский Спас, шесть саккосов, книги и гуджары. Набеги турок, иранцев и лезгин в 1730–1740 гг. привели монастырь в упадок (впоследствии обрушился главный храм). В 1759 г. ксанский эристав Давид (III) (1753–1774 гг.) и его мать Кетеван при деятельном участии настоятеля Ларгвиси архимандрита Германа, подвизавшегося в Ларгвиси с детства, предприняли постройку новой церкви во имя великомученика Феодора на старом фундаменте; Давид (III) также пожертвовал новой церкви икону Пресвятой Богородицы, написанную неким Иоанном, и обновил «Ларгвисское Четвероевангелие». За «великие труды» по строительству архимандриту Герману было пожаловано право иметь усыпальницу в южном приделе церкви великомученика Феодора, посвящённом Иоанну Предтече. Последующих настоятелей хоронили у северных столбов храма великомученика Феодора. Давид (III) пожертвовал новой церкви во имя великомученика Феодора крест великомученика Георгия. В приписке от 1764 г. к пергаменной рукописи перечислена утварь Ларгвиси: 60 книг, 60 чеканных икон и Четвероевангелий в чеканных переплётах, 12 облачений, митра, три серебряные чаши и три дискоса, три серебряные лампады, две золотые крышки. Ответственность за них лежала на протоиерее, который служил в церкви во имя великомученика Феодора.