За дарованное «будущее Царство» Пресвятой Троице воссылается благодарение, переходящее в благодарность за все прочие благодеяния, как известные, так и неизвестные молящимся, явные и неявные (последними Иоанн Златоуст называет события, внешне выглядящие как скорби и невзгоды, но служащие ко благу), а также за приносимую службу (это – уникальная особенность анафоры «Литургии Иоанна Златоуста» и зависящей от неё анафоры Нестория: благодарность за службу, которая сама по себе является «благодарением» – евхаристией). Через тему благодарения за службу анафора переходит к повествованию об ангельской литургии – вечном прославлении Бога на небесах бесплотными силами, с пением «Свят, свят, свят…». Исследователи отмечают, что если сравнить с анафорой «Литургии Иоанна Златоуста» анафору «Литургии Василия Великого» до «Свят, свят, свят…», нетрудно убедиться в том, что последняя начинается с вступительного обращения к Богу и риторических фигур, а затем содержит рассказ о Каждом из Трёх Лиц Пресвятой Троицы по отдельности и переходит к повествованию об ангельской литургии через слова о Святом Духе, т.е. следует совершенно иной логике построения текста. После повтора ангельских слов о святости Бога Троицы в тексте анафоры «Литургии Иоанна Златоуста» цитируется стих Ин. 3:16, затем сразу переход к повествованию о Тайной вечере («institutio»). Это снова находится в резком контрасте с анафорой «Литургии Василия Великого», где между «Sanctus» и «institutio» помещён весьма пространный рассказ о совершённом Христом домостроительстве спасения. В «institutio» анафоры «Литургии Иоанна Златоуста» отсутствуют слова «Сие творите в Моё воспоминание» (при этом в сирийской анафоре «[двенадцати] апостолов» они есть), что не сочетается с начальными словами анамнесиса. В конце анамнесиса священник возглашает «Твоя, Господи, Твоих Тебе приносяще за всех и за вся» (первая часть возгласа является библеизмом, 1 Пар. 29:14 [Септуагинта, LXX], а вторая (в греческом оригинале – не может указывать на людей, что следует из среднего рода местоимения, и должна пониматься в наречном значении: «везде и всячески»), а хор завершает возглас аккламацией «Тебе поём» (в современных греческих изданиях форма «принося» заменена формой «приносим», что отрывает возглас от аккламации и не соответствует тексту древних рукописей). Совершается эпиклеза – призывание Святого Духа на евхаристические Дары. В анафоре «Литургии Иоанна Златоуста» в этом контексте употреблён глагол «превращать», «существенно менять» (в сирийской анафоре «[двенадцати] апостолов» вместо этого использован глагол «показать» (что-то чем-то), ср. с анафорой Василия Великого, подчёркивающий реальность евхаристического священнодействия. Молитва об освящении Даров переходит в моление о плодах причащения, а затем – в поминовения («intercessio»). Они открываются перечислением ликов святых и возгласом, посвящённым Божьей Матери (возглас произносится с кадилом в руках; если есть диакон, он затем кадит святой престол и весь алтарь). Хор поёт Достойно есть» или задостойник, а поминовения продолжаются в следующем порядке: об усопших, о церковной иерархии, об экумене (т.е. о цивилизованном мире), о церкви в целом, о подвижниках, о светских властях, о патриархе, о городе (или монастыре) проживания, о находящихся в стесненных обстоятельствах жизни, о церковных благотворителях. Завершается анафора прославлением имени Пресвятой Троицы и благословением народа.