Исследователи считают возможным на основании творений Иоанна Златоуста реконструкцию порядка евхаристического богослужения в Антиохии в конце IV и в Константинополе на рубеже IV и V вв. Но тексты конкретных молитв Иоанн Златоуст не цитирует, поэтому его свидетельства исследователи относят к антиохийскому и константинопольскому (в зависимости от того, в какой период жизни Иоанна Златоуста была произнесена та или иная проповедь) чинам литургии того времени в целом, а не конкретно к «Литургии Иоанна Златоуста». Кроме литургических данных творения Иоанна Златоуста содержат ряд важных богословских утверждений о таинстве евхаристии. До эпохи иконоборчества основным евхаристическим чином Константинополя была «Литургия Василия Великого», совершавшаяся по воскресеньям и праздникам, тогда как «Литургии Иоанна Златоуста» использовалась в менее торжественных случаях (такой порядок до настоящего времени сохраняется в богослужении Великого поста, когда место воскресной службы занимает «Литургия Василия Великого», а «Литургии Иоанна Златоуста» назначена по субботам). Поэтому «Литургии Иоанна Златоуста» фактически не имела самостоятельного чина: основой служил формуляр «Литургии Василия Великого», но часть молитв (начиная с молитвы об оглашенных) в нём заменялась иными. По этой причине в древнейших рукописях Евхология «Литургия Иоанна Златоуста» выписывается после «Литургии Василия Великого» и имеет неполный формуляр, состоящий лишь из особенных молитв «Литургии Иоанна Златоуста». В послеиконоборческую эпоху «Литургия Василия Великого» почти перестала совершаться – с X или XI в. (в зависимости от региона) и вплоть до настоящего времени она сохраняется в богослужении только десять дней церковного года (включая пять воскресений Великого поста). «Литургии Иоанна Златоуста», напротив, стала совершаться практически круглый год и заняла место основной евхаристической службы во всей православной церкви, сохраняя его до настоящего времени. Поэтому с XI–XII вв. именно её формуляр стал в рукописях основным, а формуляр «Литургии Василия Великого» начал нередко выписываться в усечённом виде (включая только те молитвы, что отличаются от молитв «Литургии Иоанна Златоуста»). Исследователи полагают, что столь существенное вытеснение одной литургии другой было связано либо с полемикой эпохи иконоборчества (анафора «Литургии Иоанна Златоуста» не содержала терминов, которые могли быть истолкованы в иконоборческом ключе), либо с распространением в византийских общежительных монастырях практики ежедневного совершения евхаристии и вытекавшей отсюда потребности предпочитать «Литургию Иоанна Златоуста» как более краткую. Потребность в как можно более кратком евхаристическом чине представлена в качестве причины появления «Литургии Иоанна Златоуста» в легенде о происхождении основных византийских литургий, впервые зафиксированной в Синаксаре Константинопольской церкви конца X в., где говорится, что Иоанну Златоусту пришлось «по причине немощи [молящихся] людей» сократить чин литургии, изложенный Василием Великим (который, в свою очередь, создал его путём сокращения «Литургии апостола Иакова»; практически тот же текст приводится в Минологии Василия II, а в слав. переводе – в Великих Минеях Четьих митрополита Макария).