После второго антифона всегда исполняется тропарь «Единородный Сыне», а в конце третьего совершается малый вход: духовенство выходит через боковые врата из алтаря и торжественно входит через царские врата обратно (при архиерейском служении литургии епископ входит в алтарь из середины храма; после входа он совершает каждение; о прочих особенностях службы во главе с епископом или патриархом см. ст. Архиерейское богослужение). Вход предваряется соответствующей молитвой и сопровождается пением входного стиха. После него исполняются тропари и кондаки, посвящённые литургическим памятям текущего дня; структурно они являются завершением третьего антифона. Предстоятель читает молитву Трисвятого, и исполняется это песнопение; во время него духовенство переходит на горнее место для слушания оттуда чтений из Священного Писания. Чтения включают прокимен (один или два), от одного до трёх отрывков («зачал») из «Апостола», аллилуарий (один или два; в это время или раньше, во время «Апостола», диакон совершает каждение) и от одного до трёх отрывков из Евангелия; перед Евангелием с XIV в. тайно читается специальная молитва «Воссияй в сердцах наших». После окончания чтений духовенство переходит с горнего места к святому престолу и возглашается сугубая ектения со священнической молитвой. Появление сугубой ектении в чине литургии связано с традицией константинопольских молитвенных процессий по городу, состоявших из трёх антифонов (они тождественны антифонам энарксиса), чтения Евангелия и возглашения сугубой ектении. Таким образом, чтение Евангелия и сугубая ектения находятся в неразрывной связи, которая в настоящее время поставлена под угрозу распространившимся обычаем чтения проповеди сразу после Евангелия (в греческой приходской практике проповедь после Евангелия стала нормой, но при этом сугубая ектения обычно не возглашается вовсе, а читается тайно в алтаре). В XV в. в Служебниках появляется указание в дни заупокойных поминовений читать вместо обычной сугубой ектении заупокойную, в позднейшей практике нередко возглашаются обе. Последняя ектения литургии оглашенных содержит призыв к оглашаемым помолиться Господу, несколько прошений о них самих и главопреклонную молитву, служащую их отпустом (именно с этой молитвы текст «Литургии Иоанна Златоуста» начинает отличаться от «Литургии Василия Великого»). Литургию верных открывает серия из нескольких ектений: сначала возглашаются две ектении верных, а чуть позже – просительная. Между ней и первыми двумя совершается наиболее яркое внешне священнодействие «Литургии Иоанна Златоуста»: великий вход. Во время входа поётся херувимская песнь, совершается каждение, а затем духовенство, держа в руках священные сосуды с приготовленными Дарами и кресты, выходит из алтаря и выстраивается на солее лицом к народу. Пение херувимской песни прерывается, духовенство произносит поминовения, входит в алтарь и поставляет священные сосуды на святой престол, а пение продолжается. До и после входа духовенство совершает обряды accessus ad altare, включающие две священнические молитвы во время ектений верных, молитву «Никтоже достоин», умовение рук, диалог с цитатой Лк. 1:35, молитву во время просительной ектении. Следуют лобзание мира, исполнение Символа веры и главная молитва литургии – анафора.