На рубеже 1950 и 1960 гг., когда активизировалось паломничество в бывшую обитель, местные власти решили взорвать монастырские постройки. Но благодаря деятельности архитектора-реставратора Елены Николаевны Морозкиной архитектурный ансамбль Крыпецкого монастыря удалось сохранить. В конце 1950 гг., посетив Крыпецы, она писала: «Теперь вместо сокровищ здесь сохраняются драгоценный покой и вдохновенная тишина. Они не только в удалении от мира – они заключены в самой архитектуре, в том, что в ней нет ничего резкого, даже пяты свода не найдёшь: стена переходит в него постепенно. Они – в этом контрасте мягкого света внутри и яркого блеска снаружи. Высота свода соответствует размерам человеческого тела, и здесь необыкновенно хорошо себя чувствуешь». Были начаты первые реставрационные работы под руководством Бориса Степановича Скобельцына. 30 августа 1960 г. постановлением Совета Министров РСФСР ансамбль Крыпецкого монастыря объявлен памятником республиканского значения, находится под охраной государства. В 1990 г. Крыпецкий монастырь был передан Русской православной церкви, 10 сентября того же года в приделе преподобного Саввы Крыпецкого была отслужена первая после закрытия обители литургия. К сентябрю 1992 г. на территории монастыря сложился приход, настоятелем которого был назначен игумен Дамаскин (Сахнюк; ум. 29 ноября 2007 г.), с марта 1995 г. – наместник возрождающейся обители. На территории Крыпецкого монастыря проведены реставрационные работы, построены архиерейские покои, хозяйственные помещения, дом наместника с монашескими кельями, трёхэтажный братский корпус. На краю монастырских владений был устроен искусственный пруд, в который запущены ценные породы рыб. Вокруг обители – огороды и поля, являющиеся основными поставщиками овощей и ягод для монастырской трапезы. Устроен сад плодовых деревьев, вырыты глубинные десятиметровые колодцы, которые снабжают водой находящийся среди болот монастырь. Крыпецкий монастырь имеет подворья при древнем соборе святого Иоанна Предтечи (см.: Псковский во имя святого Иоанна Предтечи монастырь) и при Никольской церкви в деревне Торошино. 22–23 июля 1997 г. по благословению архиепископа Псковского и Великолукского Евсевия (Саввина) в возрождавшемся Крыпецком монастыре были обретены мощи старца Корнилия, которые освидетельствовали, перенесли в нижний придел Иоанно-Богословского собора и положили в раку. Священноархимандритом Крыпецкого монастыря является митрополит Псковский и Порховский Тихон (Шевкунов), наместником – игумен Савва (Комаров).