В феврале 1922 г. Крыпецкий монастырь был обращён в приход: по ходатайству жителей окрестных деревень составлен договор на «бессрочное» пользование собором, колокольней, Успенской церковью с двухэтажным корпусом. С 5 апреля по 30 июня 1922 г. из упразднённой обители вывезли 5 пудов 30 фунтов 24 золотника ценностей. После разрешённой «замены» объём конфиската составил 6 пудов 24 золотника. Сами ликвидаторы при этом поясняли: «В вышеуказанном весе числятся и неуказанные драгоценности, но принятые комиссией и сданные Губфинотделом на помощь голодающим, как то: жемчуг, разные камни и золото». В декабре 1923 г. решением Псковского губисполкома под предлогом того, что «фактически установлена контрреволюционная агитация монашествующих среди окружающего населения», община при Иоанно-Богословском храме была разогнана, подверглась репрессиям. Так, иеромонах Мелитон (Гаврилов), обвинённый в антисоветской агитации, был сослан на три года в Марийскую область. Монастырские постройки были переданы совхозу «Крыпецы» Торошинской волости. В нижнем подклете собора устроили скотный двор и конюшню, в верхней Иоанно-Богословской церкви оборудовали жильё для совхозников. Местонахождение многих святынь Крыпецкого монастыря исследователям неизвестно. В Псковском музее-заповеднике хранится житийная икона конца XVI – начала XVII вв., на которой изображены апостол Иоанн Богослов, Савва Сербский, преподобный Евфросин Псковский и преподобный Савва Крыпецкий в молении перед образом Божьей Матери Одигитрии. Эта икона находилась в монастырском Иоанно-Богословском соборе «на левой стороне подле царских врат». Сохранился пятипудовый колокол, пожертвованный в 1616 г. сыном псковского купца Алексея Хози, который был убит 18 августа 1609 г. (в настоящее время колокол висит на Никольской церкви острова Талабск (Залит)). Иконы из иконостаса Крыпецкого монастыря «Видение св. Евлогия» и «Ввержение в печь отрока неверующим отцом» (начало XVIII в.) находятся в церкви архангела Михаила в Риге (Латвия). В мае 1958 г. участием будущего схиархимандрита Псково-Печерского монастыря Александра (Васильева) и будущего духовника Святогорского в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря архимандрита Никодима на монастырском кладбище над могилой преподобного Корнилия была возведена деревянная часовня, а рядом – небольшая деревянная одноглавая церковь. Но осенью того же года по инициативе председателя Торошинского сельского совета И. Денисова местные комсомольские активисты частично разобрали, частично сожгли храм и часовню.