В отличие от других азиатов они принимали крещение не ради материальной выгоды и не из суетных побуждений. По мнению Франциска Ксаверия, японские христиане даже под страхом смерти не отреклись бы от веры, общение с ними приносило проповеднику «величайшее удовлетворение» (muito grande contemtamento). Миссионер писал, что «Япония более расположена к тому, чтобы сохранить христианство, нежели прочие страны». В то же время он указывал на трудности, связанные с проповедью в Японии: там нужны образованные миссионеры, способные вести дискуссии и разрешать трудные вопросы. Многие японцы спрашивали Франциска Ксаверия о посмертной участи язычников, умерших в неведении истины. Миссионер отвечал, что он отрицает возможность повлиять на их судьбу, но признаёт, что они могли быть спасены благодаря соблюдению естественного закона Творца, «записанного в сердцах людей». Поэтому приписываемое Франциску Ксаверию утверждение, что все не познавшие Христа будут ввергнуты в ад, исследователи считают ложным. Из бесед с индийскими брахманами и йогами миссионер заключил, что они придерживались монотеистических взглядов, но обманывали народ, пропагандируя культы языческих божеств. Рассматривая индуизм как «классическое» идолопоклонство, Франциск Ксаверий не проявил интерес к его учению, равно как и к анимистическим верованиям, распространённым на Молуккских островах. Только в Японии миссионеру пришлось изучить доктрины буддийских школ, чтобы дискутировать с монахами, которых он считал «очень способными и сообразительными людьми». Поскольку Франциск Ксаверий стремился доказать несостоятельность буддийского учения, он уделял особое внимание тем его аспектам, которые казались ему наиболее уязвимыми для критики, например, сотериологии (использованию заслуг монахов для спасения мирян) и преданиям о буддах и бодхисаттвах, которых считали основателями школ японского буддизма. Миссионер проявил наибольший интерес к учению дзэн; по словам Торреса, с его последователями было особенно трудно спорить, т.к. «они задавали вопросы, на которые ни Фома [Аквинский], ни [Дунс] Скотт не смогли бы дать удовлетворительные для них ответы, потому что они люди без веры» (homens sem fee). Публикация сочинений Франциска Ксаверия началась при его жизни. Так, французский перевод его отчёта от 15 января 1544 г., адресованного римским иезуитам, был издан в 1545 г. в Париже. Торселлино приложил к составленной им биографии Франциска Ксаверия латинский перевод избранных писем; другие письма, также в переводе на латынь, были опубликованы французским иезуитом Пьером Пуссином. Как правило, переводы сочинений Ксаверия были неточными, но они получили широкое распространение (большинство переводов делалось с латинских версий Торселлино и Пуссина). Отчёты Франциска Ксаверия, в которых рассказывалось об экзотических странах и самоотверженных трудах миссионеров, иезуиты использовали для того, чтобы укрепить авторитет Общества Иисуса в Европе и пробудить интерес к проповеди христианства.