Проповедь Франциска Ксаверия в Азии стала важным примером и источником вдохновения для католических миссионеров, особенно иезуитов. Деятельность миссионеров стала возможной благодаря колониальной экспансии португальцев, контролировавших морскую торговлю в Индийском океане. Как правило, завоевателей и торговцев сопровождали священники, которые крестили местных правителей, принимавших христианство из соображений политической и торговой выгоды. Франциск Ксаверий считал своей задачей наладить пастырское окормление таких христиан, рассчитывая, что его труды продолжат другие иезуиты. Во многом благодаря его усилиям миссионерская деятельность в странах Азии, Америки и Африки стала приоритетным направлением в работе Общества Иисуса. Франциск Ксаверий не только добивался того, чтобы руководство Ордена присылало новых миссионеров, но и собирал для них информацию, налаживал отношения с колониальными властями и местными правителями. Организовав работу миссии, Франциск Ксаверий отправлялся в другие места, сохраняя за собой общее руководство проповедниками. В связи с этим некоторые исследователи рассматривали его как «конкистадора»-авантюриста, лишённого терпения и прилежания; стараясь не задерживаться в определённом месте, он так и не выучил ни один восточный язык, поручая систематическое окормление христиан своим помощникам. Как правило, Франциск Ксаверий проводил лишь краткую катехизацию новообращённых и требовал от других иезуитов продолжать его работу на постоянной основе. Он впервые стал переводить элементарные вероучительные тексты на местные языки (эти переводы оказались дефектными и вскоре вышли из употребления) и рекомендовал миссионерам осваивать языки народов, среди которых они трудились. По требованию  Франциска Ксаверия Энрикиш в совершенстве овладел тамильским, а Фернандес – японским языком. Японский катехизис Франциска Ксаверия, записанный латинскими буквами, положил начало попыткам транслитерации японской письменности (иезуиты использовали систему, близкую к нихон-сики). Франциск Ксаверий определил основные направления деятельности иезуитов в Азии: организацию постоянных миссий, устройство коллегий, пастырское окормление европейских солдат и колонистов. Его путешествие в Японию было первой попыткой католических миссионеров проповедовать в странах, находившихся вне сферы влияния европейцев. Франциск Ксаверий с осторожностью относился к «европеизации» азиатских христиан, полагая, что миссионерам не следовало искоренять местные обычаи и традиции без весомых причин. Позиция Франциска Ксаверия позволила его преемникам, в первую очередь, визитатору Валиньяно, разработать принципы миссионерской политики аккомодации; её виднейшими представителями были Маттео Риччи (1552–1619 гг.) в Китае и Роберто де Нобили (1577–1656 гг.) в Индии. В то же время Франциск Ксаверий отрицательно относился к принятию в Общество Иисуса уроженцев Азии, настаивая на том, что миссионеров следовало присылать из Европы. Сначала он считал возможным принимать в Общество индийцев и африканцев, но впоследствии вопреки советам Игнатия Лойолы изменил свою позицию и пришёл к выводу, что азиаты (за исключением японцев и китайцев) не могут достичь необходимой степени духовного развития. Этот вопрос оставался дискуссионным и после кончины Франциска Ксаверия. Его деятельность привела к возникновению или укреплению христианских общин в Южной Индии, на Молуккских островах и в Японии. Франциск Ксаверий не смог начать проповедь в Китае, но указал путь будущим миссионерам. Структуры иезуитской миссии окончательно сформировались в последней четверти XVI в., при визитаторе Валиньяно, считавшем себя продолжателем дела Франциска Ксаверия. Несмотря на неблагоприятные условия, миссионерская политика Франциска Ксаверия оказалась в целом успешной: в тех местах, где он проповедовал, католические общины непрерывно существуют до настоящего времени. Голландцам, захватившим Тернате (1607 г.) и Малакку (1641 г.), не удалось искоренить католицизм, хотя там возникли и кальвинистские общины. В Японии, несмотря на жестокие гонения на христиан и закрытие страны для иностранцев в XVII в., сохранились тайные христианские общины (какурэ кириситан), обнаруженные католическими миссионерами в XIX в.