Если европейцы проводили жизнь в стремлении к обогащению, то иезуиты предавались «благочестивой торговле»: по словам Себаштьяна Гонсалвиша, Франциск Ксаверий занимался «покупкой душ». Осознание того, что ни португальцы, ни новообращённые азиаты не были «настоящими» христианами, повергало Франциска Ксаверия в отчаяние. Миссионер требовал помощи от короля, напоминая Жуану III о его главной обязанности – распространять христианство, о том, что королю предстоит дать отчёт Богу в том, как он распорядился порученной ему властью. Франциск Ксаверий просил Жуана III учредить в колониях инквизицию, которую он считал эффективным средством борьбы с безнравственностью и равнодушием к вере. Отношение Франциска Ксаверия к португальским купцам-мореплавателям изменилось только после путешествия в Японию, когда миссионер осознал значение их деятельности для проповеди христианства. Франциск Ксаверий часто рекомендовал королю разных лиц, достойных награды и поощрения (такими рекомендациями миссионер «расплачивался» за оказанную ему помощь). Несмотря на негативное отношение к колониальным властям и духовенству, Франциск Ксаверий стремился поддерживать с ними добрые отношения и требовал этого от других иезуитов. Разочарование Франциска Ксаверия в плодах своих усилий, необходимость «носить маску» и симулировать доброжелательное отношение к людям, которых миссионер презирал, были причинами психологического кризиса, получившего отражение в письмах: они проникнуты мотивами одиночества и отчаяния. Миссию в Японии Франциск Ксаверий считал даром Божьим с целью помочь ему выйти из этого положения. В письме королю миссионер назвал путешествие в Японию «бегством» (fujimdo pera Yapam). Его надежды на плодотворную деятельность среди японцев во многом были основаны на позитивном представлении об этом народе; Франциск Ксаверий считал японцев полной противоположностью порочным европейцам и «варварам» Южной и Юго-Восточной Азии. Свой отказ надолго оставаться в одном месте Франциск Ксаверий объяснял стремлением «не терять времени даром» (por nam perder mais tempo do pasado). Стремление к «большему» (magis – ср. девиз Общества Иисуса: «К вящей славе Божией» (Ad Maiorem Dei Gloriam)) Франциск Ксаверий усвоил от Игнатия Лойолы, который внушал своим последователям жажду «больше отличиться в служении Богу». Желание «большего» у Франциска Ксаверия приобретало «мелочно-расчётливый» характер: он постоянно размышлял о том, где и каким образом можно достичь бóльших успехов в служении Богу. Франциск Ксаверий критически оценивал желание и способность народов Южной и Юго-Восточной Азии усваивать христианское учение. По его мнению, индийцы совершенно не интересовались христианством и, напротив, были привязаны к «множеству грехов, в которых они жили». Учитывая «отвращение» индийцев к христианской вере, Франциск Ксаверий подчёркивал, что проповедникам следовало работать, прежде всего, с детьми, которых нужно было ограждать от влияния индийской культуры и религии. Лучшим способом для этого он считал устройство школ. Напротив, Франциск Ксаверий позитивно оценивал перспективы миссии среди японцев и китайцев.