Мощи Франциска Ксаверия с 1554 г. хранились в иезуитской коллегии святого Павла в Гоа. В 1582 г. гроб с его телом установили в капелле новициев, а в 1605 г. – в основной церкви. Во время торжеств в честь канонизации Франциска Ксаверия (январь-февраль 1624 г.) мощи перенесли в монументальный храм Бон-Жезуш, построенный в 1594–1605 гг. при резиденции иезуитов-профессов (с 1946 г. – малая базилика). Индийские ювелиры под руководством иезуита Марчелло Мастрилли изготовили богато орнаментированную серебряную раку для мощей (1636–1637 гг.), на боковых панелях которой представлены 32 сцены жизни и чудес святого. В 1698 г. раку установили на скульптурный постамент из мрамора и бронзы, изготовленный в Европе по проекту Джованни Баттиста Фоджини на средства великого герцога Тосканы Козимо III Медичи. С 1752 г. нетленные мощи Франциска Ксаверия неоднократно выставляли для поклонения (для этого снимали боковые панели раки); с 1891 г. демонстрация мощей проводится каждые десять лет (в последний раз – с ноября 2014 г. по январь 2015 г.). В 1955 г., для того чтобы предотвратить повреждения останков святого, их поместили в хрустальный ковчег. От мощей Франциска Ксаверия неоднократно отделяли частицы. В 1614 г. по указанию генерального настоятеля Аквавивы была отделена правая рука, которую затем разделили на несколько частей. Предплечье и кисть отправили в Рим; в настоящее время реликвия хранится в капелле во имя Франциска Ксаверия в церкви Иль-Джезу. Фрагменты руки находились в иезуитских храмах Франциска Ксаверия (ныне церковь святых Петра и Павла) в Мехелене (Бельгия), Вознесения Пресвятой Девы Марии в Кёльне и в Падерборне (Германия). В 1619 г. плечевую кость Франциска Ксаверия отправили в Японию, но из-за гонений на христиан в этой стране её оставили в Макао (Китай). До XIX в. серебряный реликварий со святыней хранился в церкви Вознесения Пресвятой Девы Марии при иезуитской коллегии святого Павла; в настоящее время реликвия находится в семинарской церкви святого Иосифа. На мелкие частицы были разделены внутренние органы Франциска Ксаверия, извлечённые по указанию генерального настоятеля Муцио Вителлески (1615–1645 гг.). В различных церквах и резиденциях иезуитов хранились предметы одежды, книги и другие вещи, по преданию принадлежавшие Франциску Ксаверию. Так, до XIX в. в Макао находился печатный бревиарий 1545 г., который был утрачен в 1943 г. в Нанте во время бомбардировки. С почитанием Франциска Ксаверия связана богатая иконография, особенно в испано- и португалоязычных странах. По указанию Валиньяно в 1583 г. в Гоа был написан портрет миссионера, основанный на свидетельствах очевидцев (не сохранился), известный по нескольким копиям (две копии XVII в. хранятся в церкви Иль-Джезу и в Ватиканской пинакотеке, раньше также в Иль-Джезу). Исследователи полагают, что к этому портрету восходит «аутентичное» изображение Франциска Ксаверия среди десяти учеников Игнатия Лойолы из фондов Римского архива Общества Иисуса.