В Западной Европе долго не имели точной информации о смерти Франциска Ксаверия. Лишь в январе 1555 г. японец Бернарду подтвердил римским иезуитам, что слухи об этом верны. После кончины Игнатия Лойолы (1556 г.) руководители Общества Иисуса стали задумываться о подготовке канонизации основателя Ордена и его сподвижника Франциска Ксаверия. Португальский король Жуан III в письме вице-королю Индии Педру Машкареньяшу от 28 марта 1556 г. распорядился провести опрос свидетелей о жизни и чудесах Франциска Ксаверия. Сохранились записи показаний 62 свидетелей, сделанные в 1556–1557 гг. в Гоа, Бассейне, Кочине и Малакке. После кончины короля Жуана III опросы свидетелей перестали проводить. В 1583 и 1584 гг. по инициативе визитатора Валиньяно даймё Отомо Сорин обращался к папе Римскому с просьбой причислить Франциска Ксаверия к лику святых. Этот вопрос поднимали также члены японского посольства в Европу (1582–1590 гг.), организованного Отомо Сорином и другими даймё-христианами. Миссионеры-иезуиты (например, Фройш в Японии) записывали воспоминания очевидцев о Ксаверии. По поручению пятой генеральной конгрегации Общества Иисуса (1593 г.) генеральный настоятель Клаудио Аквавива подал папе Римскому Клименту VIII (1592–1605 гг.) прошение о канонизации Игнатия Лойолы и Франциска Ксаверия. В 1599 г. при поддержке кардинала Цезаря Барония понтифик разрешил поместить изображение Франциска Ксаверия в главной иезуитской церкви Иль-Джезу в Риме. Церковь в Нагеркоиле, на Рыбацком берегу в Индии, стала местом паломничества после того, как в неё внесли изображение миссионера (1603 г.). При папе Павле V (1605–1621 гг.) иезуиты усилили давление на Римскую курию, добиваясь канонизации Игнатия Лойолы и Франциска Ксаверия. Участники пятого провинциального Собора в Гоа (1606 г.), французский король Генрих IV, король Испании и Португалии Филипп III и другие европейские монархи обратились к папе Римскому с просьбой рассмотреть вопрос о причислении Франциска Ксаверия к лику святых. В 1610 г. Павел V распорядился изучить протоколы 1556–1557 гг. и провести повторное следствие. В том же году показания были собраны в Риме, а в 1613 г. в Испанию и Португалию были направлены инструкции с перечнем вопросов, которые следовало задавать свидетелям. В 1614–1617 гг. сведения о Франциске Ксаверии записывались в Памплоне, в Лиссабоне, в Индии и в Малакке. К этому времени очевидцев его деятельности почти не осталось, поэтому церковные следователи интересовались, главным образом, сведениями о совершённых им чудесах. Почти все протоколы 1610–1617 гг. утрачены; сохранились записи из Памплоны, а в латинском переводе – записи из Кочина, Траванкора и Тутикорина и из Лиссабона.