В 1618 г. аудиторы трибунала Rota Romana подготовили резюме (summarium) процесса беатификации и после рассмотрения документов вынесли положительный вердикт. На закрытой консистории 21 октября 1619 г. было принято решение причислить Франциска Ксаверия к лику блаженных (местночтимых святых). В соответствии с бреве папы Павла V о беатификации Франциска Ксаверия («In Sede Principis» от 25 октября 1619 г.) его литургическое поминовение совершалось 2 декаюря во всех храмах Общества Иисуса, в «Восточной Индии» и в Хавьере, где родился миссионер (в 1663 г. память святого была перенесена на 3 декабря). Канонизационный процесс Франциска Ксаверия, начатый в 1621 г., не сопровождался новыми изысканиями. 24 января 1622 г. кардинал Франческо Мария дель Монте представил папе Григорию XV (1621–1623 гг.) итоговый доклад о жизни, добродетелях, подвигах и чудесах Франциска Ксаверия. Во время консистории 16 февраля кардиналы высказались в пользу канонизации, и 9 марта папа Григорий XV подписал декрет о причислении к лику святых Игнатия Лойолы, Франциска Ксаверия, Филиппа Нери и Терезы Авильской, а также святого Исидора, покровителя Мадрида (булла «Rationi congruit» о канонизации Франциска Ксаверия была подписана папой Урбаном VIII (1623–1644 гг.) 6 августа 1623 г.). Пышные торжества в честь канонизации состоялись 12 марта 1622 г. в римской базилике святого Петра, на следующий день было устроено праздничное шествие в церковь Иль-Джезу. В 1622–1624 гг. торжества в честь Игнатия Лойолы и Франциска Ксаверия прошли во всех городах Европы, где находились резиденции иезуитов, а также в португальских колониях в Азии (в Гоа, Макао, Тернате), на Филиппинских островах (в Маниле и Себу) и в Латинской Америке, прежде всего, в Мехико и Лиме. В программы торжеств входили праздничные богослужения и процессии, театральные представления (в Гоа была поставлена трагедия о Франциске Ксаверии, которая продолжалась четыре дня), декламация стихов, костюмированные шествия с хоровым пением, музыкой и фейерверками. Улицы городов украшали светильниками, гирляндами, живописными и скульптурными композициями. В 1748 г. по просьбе иезуитов папа Римский Бенедикт XIV (1740–1758 гг.) провозгласил Франциска Ксаверия покровителем стран Востока – от мыса Доброй Надежды до Японии. В XIX в. почитание святого получило новый импульс благодаря восстановлению Общества Иисуса (1814 г.) и расширению миссионерской деятельности. Франциск Ксаверий был провозглашён покровителем миссионеров (бреве папы Пия X (1903–1914 гг.) «In Apostolicum sublecti munus» от 25 марта 1904 г.), а 14 декабря 1927 г. – покровителем католических миссий во всем мире вместе со святой Терезой из Лизьё (декрет папы Пия XI (1922–1939 гг.) «Apostolicorum in missionibus»). В ряде стран прошли празднования в честь 300-летия канонизации Франциска Ксаверия (1922 г.), 400-летия его прибытия в Японию (1949 г.) и кончины (1952 г.).