Однако ряд уязвимых мест в «теории катакомб» сохранялся: в хронологии господствовал догматизм; керамика, светильники, монеты почти не изучались; не была ни подтверждена, ни опровергнута подлинность мощей, разошедшихся из Рима по всему миру. Так, непривычные детали в закладке могильных ниш и вещи в погребениях принимали за орудия казни и реликвии мучеников, ампулы – за «фиалы» с их кровью (погребения мучеников идентифицировали по этому признаку, следуя декрету папы Климента IX (1668 г.), что плохо сочеталось с датами захоронений, совершённых позже эпохи гонений, а также с надписями, не упоминавшими о мученичестве, тем более что в катакомбах были и нехристианские погребения). В Великобритании, во Франции, в Германии и России появились пересказы книг Дж. Б. Де Росси (А. фон Фрикен). На рубеже XIX и XX вв. предпринимались попытки включить росписи катакомб в экспозиции музеев: в 1888–1889 гг. Иван Владимирович Цветаев заказал художнику Фёдору Петровичу Рейману для Музея изящных искусств копии фресок, намереваясь изготовить и макет кубикулы; за 12 лет было снято больше сотни копий (ныне в Государственном музее изобразительных искусств имени А.С. Пушкина; в 2000 г. прошла выставка акварелей Ф.П. Реймана). Близкий проект осуществили в 1910–1912 гг. в Валкенбурге (Нидерланды), где в старых копях сделаны точные копии кубикул с фресками из римских катакомб (голл. Romeinse Katakomben Valkenburg). С середины XIX в. посещение катакомб становится обязательным для приезжающих в Рим христиан; в 1854 г. епископ Порфирий (Упенский) составил яркий и полный экскурс в «археологию катакомб» (М., 1996 г.). Открытия Дж. Б. Де Росси дали толчок массовому исследованию катакомб в конце XIX – начале XX вв., которое возглавили его ученики: Э. Стивенсон (1854–1898 гг.), Йозеф Вильперт (1857–1944 гг.), О. Марукки (1852–1931 гг.). Были обнаружены катакомбы при многих храмах Рима: под мавзолеем императора равноапостольного Константина Великого на Казилинской дороге, в котором была похоронена императрица равноапостольная Елена, и под большой кладбищенской базиликой; «Ad duas lauros» («У двух лавров») с погребениями святых Марцеллина и Петра второй половины III в., с тысячами погребений III–IV вв., с фресками и со множеством граффити паломников; два уровня катакомб с кубикулами и с аркосолиями, с напольной мозаикой Аврелия Фелициссима (около 220 г.) и с росписями, сюжеты которых связаны с философией гностиков («Эдем», «Искушение», «Трапеза»). С 1920 гг. Энрико Йози (впоследствии инспектор катакомб и ректор Папского института христианской археологии) приступил к исследованию уже известных катакомб св. Памфила; он же открыл на Тибуртинской дороге костницу-реликварий для мощей (270–300 гг.) с надписью-посвящением мученику Новациану и древнейшее из подписанных погребений катакомб (Кальпурния Дионисия, 23 мая 263 г. – 13 августа 266 г.), а в катакомбах Претекстата – серию надписей 273–475 гг. язычников и христиан (клириков, фоссоров, аристократов, вольноотпущенников).