Кроме того, частные мавзолеи быстро уступают место общинным кладбищам. После 313 г. начался стремительный процесс оформления почитания мучеников. На многочисленных местах их погребения в катакомбах строили церкви, которые становились объектами массовых посещений. В эпитафиях отмечают близость к погребениям мучеников: «вблизи святых мучеников» («ad sanctos, ad martyres»), «перед» («ante») или «над» («supra») ними, «позади» («retro») них. Согласно «Liber Pontificalis» («Книге пап»), папа Дамас I (366–384 гг.) очистил уже заброшенные гробницы, построил в катакомбах лестницы, своды, контрфорсы и световые колодцы (луминарии), составил новые, частью стихотворные, эпитафии с описанием деяний мучеников (их делал очень узнаваемым почерком резчик Фурий Дионисий Филокал), запретил строительство над катакомбами. С этого же времени быстро разрастаются скромные загородные кладбища, над ними сооружают базилики и «мемории», возникает множество новых кладбищ. В IV–V вв. катакомбы Рима вытянулись вдоль дорог примерно на 5 км от стены Аврелиана (273 г.); их расположение за городскими стенами связано с запретом на погребения в городе (исключение – Александрия I–II вв.). Таким образом, с начала IV в. кардинально меняется придорожный ландшафт римского пригорода с его частными поместьями и виллами: его пространство, где формируются христианские богослужебные и погребальные традиции, приобретает общественно значимый характер. С середины VI в. в связи с резким уменьшением городского населения снизилась потребность в кладбищах, а военная опасность вынудила хоронить умерших внутри города, и законодательные нормы были изменены. В предместьях теперь хоронили, в основном, местных жителей, но наиболее известные катакомбы сохранили значение loca sancta – святых мест; около них в память мучеников возводили храмы и монастыри. К мощам святых и их реликвиям устремлялось всё больше паломников; с VII в. в итинерариях (их протографы исследователи возводят к рубежу V и VI вв.) содержатся точные указания, как найти то или иное погребение. В VII в. залы катакомб ещё продолжали украшать росписями: последнее оформление катакомб и святилищ мучеников исследователи относят к концу VIII – началу IX вв., периоду понтификата Адриана I и Льва III. Окончательный упадок катакомб в Италии, Галлии и римской Африке начался в VII–VIII вв. с переноса из них в города мощей. Так, освящая Пантеон, папа Бонифаций IV (608–615 гг.) вывез из катакомб около 30 повозок с мощами; при папе Пасхалии I (817–824 гг.), согласно надписи в базилике Санта-Прасседе, из катакомб были вынуты останки 2300 умерших. Мощи из катакомб извлекали вплоть до начала IX в. и позже, о чём свидетельствуют росписи XI–XII вв., такие как образ св. Бенедикта в катакомбах св. Эрметы (di Sant'Ermete). Единичные галереи в наиболее известных катакомбах посещали и в Средневековье: катакомбы св. Лаврентия (di San Lorenzo) и их часть – св. Кириака (di San Ciriaco) на Тибуртинской дороге, св. Панкратия (di San Pancrazio) на Аврелианской дороге, св. Валентина (di San Valentino) на Фламиниевой дороге, св. Себастиана и св. Агнессы (di Sant'Agnese). После того как в XIV в. интерес паломников к катакомбам ослаб, они были окончательно заброшены. Тем не менее, сведения о катакомбах сохранялись в популярных итинерариях, так называемых мирабилиях (Mirabilia urbis Romae), которые переписывали до XIV–XV вв. и позже (в катакомбы иногда спускались и ранние гуманисты, например, Франческо Петрарка). Но подлинный интерес к катакомбам возник только в Новое время, с зарождением в XV–XVI вв. христианской археологии.