Нарастание напряжённости между радикальными милленаристскими пуританами и умеренными конституционалами требовало проявления сильной политической воли. Первый парламент должен был начать работу 3 сентября 1654 г., так что в течение девяти месяцев Оливер Кромвель всецело управлял страной. За это время было издано 82 ордонанса, касавшихся отношений с Шотландией и Ирландией, реформ суда и законодательной системы, регламентирования церковного управления в Англии. Декларируя создание Государственной церкви, Оливер Кромвель настаивал на предоставлении равных прав трём главным религиозным группам нонконформистов (пресвитерианам, баптистам и индепендентам) в общенациональном масштабе. Для контроля за назначениями и деятельностью англиканских священников были созданы особые комиссии, состоявшие из пуритан, в результате деятельности которых значительная часть англиканских священников (2500 из 9000) лишилась приходов. Оливер Кромвель, будучи приверженцем идеи религиозной свободы, был весьма лоялен по отношению к инакомыслящим: заступился за унитария Джона Биддла (не разделяя его взглядов), осуждённого за ересь и приговорённого к казни; приказал похоронить с почестями англиканского теолога и церковного историка Джеймса Ашера; не поощрял преследование католиков и иудеев. 3 сентября 1654 г. начал заседать первый парламент протектората. Выступая перед депутатами, Оливер Кромвель предложил им своей деятельностью «врачевать и обустраивать» государство. Однако пресвитериане, вернувшиеся в парламент, настаивали на устройстве церкви по своей модели, ограничении деятельности сект, попытались внести законопроект, ограничивающий свободу вероисповедания. Сторонники республики стремились к отказу от «Орудия управления», выражали сомнение в необходимости иметь значительные военные силы в мирное время и целесообразности должности лорда-протектора. Количество направленных против режима законопроектов множилось, и через 140 дней после открытия заседания, 22 января 1654 г., Оливер Кромвель заявил о роспуске парламента. В течение года и восьми месяцев парламент не созывался. «Орудие управления» предоставляло протектору право собирать налоги без согласия парламента, достаточные для покрытия расходов по управлению страной, и после роспуска парламента Оливер Кромвель воспользовался этим правом. Оппозиция режиму Оливера Кромвеля в парламенте усугублялась недовольством армии. Широкое распространение получила петиция, составленная Джоном Уайлдманом, в которой он призывал к свержению «тиранической власти» и созыву «полного и свободного парламента». Автор петиции и его сторонники были арестованы, начались аресты среди милленариев, заявлявших, что они не признают власть Оливера Кромвеля, поскольку она «противоречит царству Христа». В марте 1655 г. был раскрыт роялистский заговор, послуживший поводом к милитаризации системы управления государством. В августе 1655 г. Оливер Кромвель издал указ о разделении Англии и Уэльса на 12 военно-административных округов во главе с генерал-майорами, облечёнными полнотой власти в пределах вверенных им территорий. Для содержания войска и полиции был установлен 10-процентный сбор с имений роялистов, однако надежды на то, что армию можно будет содержать за счёт этих средств, не оправдались.