Учитывая военные заслуги и популярность Оливера Кромвеля в армии, ему в качестве исключения было разрешено принимать участие и в деятельности парламента, и в руководстве армией. Оливер Кромвель провёл реорганизацию войска: три армии (Роберта Деверё, графа Эссекского, Монтегю, Уоллера) были объединены в одну регулярную армию под командованием Томаса Ферфакса. Оливер Кромвель настоял на введении форменной одежды солдат парламентской армии (прежде цвета мундиров были одинаковыми у противоборствовавших сторон) – 12 пехотных полков одели в форму красного цвета, и этот цвет стал главным цветом униформы английской армии (до 1914 г.). Являясь помощником Томаса Ферфакса, Оливер Кромвель руководил военными действиями, особенно в сражении при Нейзби (июнь 1645 г.), которые окончились разгромом королевской армии. В сентябре был взят Бристоль. В апреле 1646 г. Карл I Стюарт бежал на север и сдался в плен шотландцам. Укрепление позиций Оливера Кромвеля в армии, военные успехи способствовали росту его политического авторитета и выдвижению на руководящие позиции не только в военной сфере. Вскоре он стал главой одной из парламентских групп – индепендентов. Официально оформленных политических фракций в то время ещё не было, хотя на деле партии (роялисты, пресвитериане, индепенденты, левеллеры) уже существовали и действовали. Формировались они по социальному и религиозному признаку. При заключении союза с шотландцами, в результате которого в обмен на помощь в борьбе с роялистами пресвитерианская церковь должна была стать главенствующей в Англии, Оливер Кромвель потребовал гарантии свободы вероисповедания для себя и своих друзей-индепендентов. Однако обнаружилось, что палата общин (покинутая сторонниками короля ещё в начале войны) и часть палаты лордов стремятся ввести строгую пресвитерианскую структуру в Англиканскую церковь и распустить по домам солдат Томаса Ферфакса, в большинстве своём индепендентов. Поначалу Оливер Кромвель, как член парламента и человек, пользовавшийся авторитетом в армии, пытался быть посредником между парламентом и солдатами, но был вынужден сделать выбор, связав дальнейшую судьбу с армией. Он приложил немалые усилия к тому, чтобы достичь соглашения с королём, которого шотландцы передали парламенту в феврале 1647 г. как пленника, прежде чем их войска покинули Англию. Ведя от лица армии переговоры с парламентом и королём относительно послевоенного устройства Англии и церкви, Оливер Кромвель не возражал против объявления пресвитерианской церкви государственной, однако настаивал на том, чтобы не запрещалось существовать другим религиозным течениям (в том числе индепендентству). Он также действовал в качестве посредника внутри армии, пытаясь примирить радикалов-левеллеров и «шёлковых индепендентов». В его программу на тот момент входило установление конституционной монархии с парламентом, выражающим интересы средних слоёв, и церковью, проявляющей терпимость к разным вероисповеданиям. По предложению Оливера Кромвеля был создан Всеобщий совет армии, от имени которого 1 августа 1647 г. были опубликованы «Основы предложений, исходящих от армии», составленные группой армейских генералов, куда входили Оливер Кромвель, его зять Генри Айртон и др.