В двух палатах парламента сформировалась оппозиция, определявшая поведение большинства депутатов. В ходе заседаний Оливер Кромвель придерживался последовательной пуританской позиции, активно критиковал государственную церковь и религиозную политику правительства. Он был ближайшим соратником Джона Пима, руководителя парламентской оппозиции, впоследствии председателя образованного в сентябре 1641 г. особого парламентского комитета, который был фактически временным правительством. При участии Оливера Кромвеля в 1641 г. палатой общин был разработан проект билля об отмене епископата, не принятый парламентом. В палате общин был создан комитет по делам религии, членом которого был Оливер Кромвель, его выступления в это время были посвящены, в основном, религиозным вопросам: требованию освободить Джона Лилберна, арестованного за распространение пуританской литературы, осуждению привилегий англиканских епископов и др. В начале 1642 г. Карл I Стюарт в сопровождении 400 вооружённых людей явился в палату общин с требованием выдать ему пятерых депутатов-оппозиционеров; получив отказ, король покинул ставшую опасной для него столицу и отправился в Йорк, чтобы собрать сторонников на севере страны. Королева Генриетта Мария отправилась на континент для поиска средств для армии. Палата общин, приняв «Ордонанс об ополчении» (5 февраля 1642 г.), подчинила ополчение графств парламенту. В феврале парламент принял закон о получении займа в 100 тыс. фунтов для набора солдат, которые будут участвовать в конфискации ирландских земель. В стране было введено военное положение, члены парламента отправлены по избирательным округам для установления контроля над местными арсеналами и ополчением. После прибытия в Кембридж Оливер Кромвель арестовал капитана отряда графства и остановил сбор пожертвований, объявленный королём. 12 июля парламент вотировал закон, предписывавший приступить к набору армии. 22 августа Карл I Стюарт поднял штандарт над Ноттингемом, что означало начало гражданской войны. Религиозный фактор играл определяющую роль в выборе политической позиции для участников первой военной кампании, как с одной, так и с другой стороны. Несмотря на то что Оливер Кромвель к этому времени не обладал военным опытом, твёрдость его пуританских воззрений сделала его лидером не только в парламенте, но и в армии. Он вступил в парламентскую армию в чине капитана и добился успехов в военной карьере – за два года дослужился до генерал-лейтенанта. Оливер Кромвель начал собирать отряд среди своих земляков в Хантингдоне и Кембридже, ориентируясь на добровольцев, чьё содержание обеспечивалось местными налогами, и руководствуясь новыми принципами: на смену «людям чести» – дворянам, по его мнению, должны были прийти «люди религии» – пуритане. Солдатами Оливер Кромвеля были простолюдины, нонконформисты, сторонники парламента, которые воевали не столько ради денег, сколько ради установления в Англии справедливого государственного строя и возможности исповедовать вероучение, отличное от англиканства. Современники отмечали, что Оливер Кромвель сам обучал новобранцев военному делу, пресекал акты насилия, требовал безоговорочного подчинения от командиров отрядов, которых назначал сам, не обращая внимания на их социальное происхождение. Дослужиться до высоких чинов смогли извозчик Т. Прайд, котельщик Дж. Фокс и многие другие.