Главными противниками республиканского строя стали недовольные победой индепендентов пресвитериане, не согласные со свержением монархии роялисты и различные движения, ратующие за социальное и политическое равенство (левеллеры, диггеры, квакеры, «люди пятой монархии», рантеры, милленарии). В мае 1649 г. Оливер Кромвель подавил восстание левеллеров в Берфорде, после чего они постепенно утратили политическое влияние. Роялисты установили контроль над большей частью Ирландии, которую надеялись использовать как базу для вторжения в Англию. Оливер Кромвель принял командование экспедиционной армией, высадившейся в Дублине 15 августа 1649 г., а затем направился на север и осадил Дроэду. К концу года он контролировал значительную часть восточного побережья Ирландии, в начале 1650 г. повёл армию вглубь острова, разоряя страну и истребляя население, жестоко преследуя католиков. В результате этого завоевания треть населения Ирландии погибла. Согласно «Акту об устроении Ирландии» (1652 г.), все владения, захваченные с оружием в руках, подлежали конфискации; из шести ирландских графств выселяли всех землевладельцев-католиков, их владения переходили «новым англичанам» – протестантам. Новые собственники получили две трети ирландской территории, суммы от продажи земель были потрачены на выплату займов и жалованья армии. В конце мая парламент отозвал Оливера Кромвеля в Англию. Объединённые Карлом II, старшим сыном Карла I, силы роялистов и шотландцев вновь угрожали английской республике. Не желая вторгаться в Шотландию, генерал Томас Ферфакс подал в отставку, и 25 июня 1650 г. пост главнокомандующего было предложено занять Оливеру Кромвелю. Английская армия пересекла шотландскую границу 22 июля 1650 г. Как и во время ирландской кампании, сухопутные войска поддерживал флот, которому Оливер Кромвель придавал большое значение. Хотя его армия и была отрезана от английских баз, 3 сентября 1650 г. Оливер Кромвель одержал крупную победу при Данбаре, 3 сентября 1651 г. – при Вустере. Несмотря на то что армия «железнобоких» почти в два раза уступала роялистской, 3 тыс. шотландцев пали на поле битвы, 10 тыс. попали в плен. 7 сентября на милость победителя сдался город-крепость Эдинбург. Оливер Кромвель провозгласил присоединение Шотландии к Англии. 12 сентября Лондон встречал Оливера Кромвеля как триумфатора. Современники отмечали, что он вёл себя скромно, много говорил о заслугах офицеров и солдат и приписывал победу Промыслу Божию. В то время как армия одерживала победы в Ирландии и Шотландии, рос авторитет флота, особенно после принятия «Навигационного акта» (1651 г.); парламент, от которого ждали новых законов и решений, не предпринял никаких серьёзных действий. В августе 1652 г. состоялось собрание совета офицеров под председательством Оливера Кромвеля, направившее в адрес парламента петицию, которая содержала упрёки в затягивании ожидаемых страной реформ. В Лондон прибывали новые офицеры из разных частей. В конце декабря 1652 г. парламент под предлогом растущих затрат на флот принял решение продать дворец Хамптон-Корт, ставший резиденцией Оливера Кромвеля после победы при Вустере. Противостояние армии и парламента продолжало обостряться, 20 апреля 1653 г. Оливер Кромвель с солдатами явился в палату и со словами: «Вы сидите здесь слишком долго. Во имя Господа, убирайтесь!» – закрыл заседание, 22 апреля появилась декларация, объясняющая роспуск парламента.