Оливер Кромвель изыскивал средства для обеспечения солдат, обращаясь с просьбой о финансовой поддержке к членам парламента. К 1643 г. набранный им отряд насчитывал больше 2 тыс. всадников. Чтобы противодействовать соединению северных частей королевской армии с южными, из нескольких смежных графств была образована «Восточная ассоциация», ставшая основой индепендентского войска. Главнокомандующим войск был назначен Эдуард Монтегю, граф Манчестер, его заместителем – Оливер Кромвель, получивший к этому времени чин полковника. Сражения при Грантеме (13 мая 1643 г.) и Гейнсборо (28 июля 1643 г.) завершились победой сторонников парламента, однако большую часть Англии контролировали сторонники короля – роялисты. Парламентская армия под командованием Уильяма Уоллера на западе страны была разбита, на севере Англии почти полностью уничтожена армия под командованием Томаса Ферфакса, что послужило одной из причин заключения в сентябре 1643 г. договора с Шотландией – «Торжественной Лиги и Ковенанта», по которому Англия брала на себя обязательство ввести пресвитерианское устройство церкви в обмен на военную помощь Шотландии в борьбе с королём. По этому соглашению для координации военных действий учреждался Комитет двух королевств. Вступление в войну Шотландии кардинально меняло баланс сил в пользу армии парламента. 10 ноября 1643 г. отряды Оливера Кромвеля нанесли поражение роялистам при Уинсби. В феврале 1644 г. парламент назначил Оливера Кромвеля членом комитета для осуществления высшего руководства военными действиями. В парламентской армии был распространён «Солдатский катехизис», согласно которому война шла против врагов, преследовавших истинную религию, разрушавших мир справедливости и свободы. Поэтому хороший солдат должен быть религиозным и благочестивым. В июле 1644 г., в ходе сражения при Марстон-Муре под Йорком, особенно ярко проявился талант Кромвеля-полководца. По преданию, за упорство, проявленное солдатами Оливера Кромвеля в этой битве, принц Рупрехт Пфальцский, возглавлявший королевское войско, прозвал их «железнобокими». Оливер Кромвель написал после победы о побеждённых роялистах, что «Бог превратил их в жатву для наших мечей». В этой битве он был ранен в шею. Популярности Оливера Кромвеля также способствовали неудачи других предводителей парламентской армии. Поражение графа Манчестера при Ньюбери (20 сентября 1643 г.) послужило для Оливера Кромвеля поводом к возбуждению в парламенте обвинения против графа Манчестера, который осуждал Оливера Кромвеля за неповиновение, хотя и отмечал его достоинства. В 1644 г. Оливер Кромвель упразднил в армии так называемую привилегию джентльменов на замещение командных должностей, что также не способствовало нормализации отношений между нм и графом Манчестером. Напряжение внутри парламентского лагеря достигло такого уровня, что в начале декабря 1644 г. пресвитерианские лидеры и шотландские ковенантеры обсуждали вопрос об импичменте и аресте Оливера Кромвеля. Однако именно Оливер Кромвель настоял на обсуждении и принятии парламентом «Акта о самоотречении» («Self-denying Ordinance»), согласно которому членам парламента (в том числе графу Манчестеру) запрещалось занимать высшие армейские должности (3 апреля 1645 г.).