6 августа армия во главе с Оливером Кромвелем и Томасом Ферфаксом вступила в Лондон, солдаты демонстрировали дисциплину и стремились показать, что они не бунтовщики, а восстановители порядка. 21 октября Оливер Кромвель, выступая перед парламентом, заверил депутатов в намерении сохранить в стране монархическое правление во главе с Карлом I Стюартом, за что левеллеры объявили его предателем. 11 ноября Оливер Кромвель осудил на дебатах в Патни левеллерское «Народное соглашение», 15 ноября на армейском смотре в Уэре, где левеллеры попытались вновь выдвинуть свои требования, по приказу Оливера Кромвеля зачинщики волнений были арестованы и приговорены к смертной казни (казнён один из четырёх – Ричард Арнолд, на кого пал жребий), Совет армии был распущен, его участникам было приказано немедленно вернуться в полк к исполнению своих обязанностей. Подписание королём тайного соглашения с шотландцами и предпринятая им попытка побега привели ко второй гражданской войне, в ходе которой роль и авторитет Оливера Кромвеля возросли. Он одержал серию побед над превосходящими силами шотландцев и роялистов в Ланкашире в августе 1648 г. (при Пембруке, Престоне и Уинвике), что явилось его первым крупным самостоятельным успехом в качестве полководца и позволило положить конец гражданским войнам. Пока пресвитериане продолжали надеяться на союз с королём, Генри Айртон организовал и возглавил движение, целью которого было наказание короля и свержение монархии. 6 декабря 1648 г. южная армия произвела «чистку» палаты общин от пресвитериан (так называемая Прайдова чистка) и потребовала суда над королём. Это привело к усилению противостояния Оливера Кромвеля и его сторонников в парламенте («шёлковых индепендентов», или грандов) с левеллерами, с которыми Оливер Кромвель вновь вступил в союз в начале войны. Члены парламента (так называемое охвостье, англ. rump) аннулировали все договорённости с королём и постановили заключить в тюрьму пресвитерианских лидеров. В январе 1649 г. Оливер Кромвель дал согласие на казнь Карла I Стюарта, ликвидацию монархии, роспуск палаты лордов. 135 парламентариев во главе с юристом Джоном Брадшоу судили Карла I Стюарта, признали его виновным как «тирана, изменника и врага отечества». По их решению 30 января 1649 г. король был обезглавлен (вопреки распространённому мнению подпись Оливера Кромвеля на приговоре королю стоит не первой, а третьей). Оливер Кромвель не присутствовал на площади во время казни. Он считал, что тирана низвергли таким способом, о котором христиане грядущих веков будут вспоминать с почтением, и назвал это жестокой необходимостью. В день казни палата общин объявила государственным преступником всякого, кто станет провозглашать наследником престола любого из потомков Карла I Стюарта. 7 февраля в парламентском билле было заявлено: «...Опытом доказано, и вследствие того палатою объявляется, что королевское звание в этой земле бесполезно, тягостно и опасно для свободы, безопасности и блага народного; поэтому отныне оно отменяется». В мае 1649 г. Англия была провозглашена республикой. Вся полнота исполнительной власти была передана новому органу – Государственному совету в составе 41 члена, из них 31 были депутатами парламента. Армию представляли Томас Ферфакс, Филип Скиппон и Оливер Кромвель, ставший вскоре председателем Госсовета.