В 1540–1550 гг. Гаспаро Контарини был для многих кардиналов, клириков и теологов, входивших в круг его друзей и единомышленников, образцом церковного реформатора, которому удалось соединить верность католической церкви с религиозной терпимостью и открытостью. Однако по мере усиления в папской курии контрреформационных настроений религиозные взгляды Гаспаро Контарини всё чаще подвергались критике. Во внутрикатолических религиозных дискуссиях его имя оказалось неразрывно связано с одобренным им пятым артикулом «Регенсбургской книги» и учением о «двойном оправдании». Во время первого этапа работы Тридентского собора в 1545–1547 гг. генеральный приор Ордена августинцев-еремитов Джироламо Серипандо (1493–1563 гг.; кардинал с 1561 г.) выступал в защиту концепции двойного оправдания и ссылался для её подтверждения на мнение Гаспаро Контарини; попытка обвинить Дж. Серипандо в ереси не имела успеха, но учение о двойном оправдании было отвергнуто участниками Собора. Прямые обвинения в ереси против друзей Гаспаро Контарини, кардиналов Р. Пола и Дж. Мороне, были выдвинуты при папе Римском Павле IV; поддержка ими учения Гаспаро Контарини об оправдании была одним из доказательств обвинения. Хотя инквизиционные процессы завершились безрезультатно, после них в широких кругах католических церковных прелатов закрепилось отношение к Гаспаро Контарини как к тайному единомышленнику протестантов. Попытку изменить такую оценку Гаспаро Контарини предпринял его племянник, венецианский дипломат Альвизе Контарини (1537–1579 гг.), с начала 1560 гг. готовивший издание собрания сочинений Гаспаро Контарини. Многие трактаты и записки Гаспаро Контарини в этот период распространялись среди его друзей в рукописях и были достаточно хорошо известны в Италии. Собрав рукописи и издания отдельных трактатов, А. Контарини передал их докторам факультета теологии Парижского университета и получил от них заключение о том, что в трудах Гаспаро Контарини «нет ничего, не согласного с учением католической Церкви и святых отцов, и ничего, что могло бы соблазнить благочестивого христианского читателя». А. Контарини утверждал, что по его указанию сочинения Гаспаро Контарини были очищены от сомнительных с точки зрения католической веры высказываний, однако проведённое современными исследователями сопоставление имеющихся автографов и рукописей с изданием свидетельствует о том, что в действительности почти никакой правки сделано не было. Вышедшее в 1571 г. в Париже издание было посвящено кардиналу А. Фарнезе. Несмотря на все предосторожности, римская инквизиция уже в начале 1572 г. распорядилась запретить продажу книги до тех пор, пока она не будет проверена инквизиторами и исправлена (donec expurgetur). Вскоре после этого сочинения Гаспаро Контарини были включены в некоторые местные итальянские списки запрещённых книг, однако в официальный римский «Индекс запрещенных книг» они никогда не вносились. В середине 1570 гг. «очищением от заблуждений» («expurgatio») сочинений Гаспаро Контарини занялись инквизиторы Рима и Венеции.