Наиболее острые споры были связаны с учением о евхаристии. После того как лютеране решительно отказались принять католическое учение о евхаристическом пресуществлении, католические теологи, исполняя желание императора Карла V, заявили о готовности выразить его другими словами, без использования термина «пресуществление» («transsubstantiatio»). Однако против этого решительно выступил Гаспаро Контарини, который заявил, что формулировка учения о пресуществлении была утверждена католической церковью на четвёртом Латеранском соборе, вследствие чего оно является бесспорным и неизменяемым положением веры, а не предметом для дискуссий. Упорное нежелание Гаспаро Контарини искать новые компромиссные формулировки в области учения о евхаристии и о других таинствах объясняется его уверенностью в том, что схоластическая интерпретация таинств прошла рецепцию в католической церкви и является истинной и гармоничной. Об этой уверенности свидетельствует содержащее реферативное изложение схоластической сакраментологии пространное сочинение «О таинствах христианского закона и католической Церкви» («De Sacramentis Christianae legis et Catholicae Ecclesiae»), которое Гаспаро Контарини завершил в апреле 1540 г. Ввиду признания сторонами невозможности выработки согласованной позиции по всем артикулам было принято решение о прекращении коллоквиума; он завершил работу 22 мая 1541 г. Итогом коллоквиума стала «Регенсбургская книга» – собрание католических артикулов, к которым в качестве приложения были добавлены возражения протестантов; официального одобрения Гаспаро Контарини или Папского престола этот документ не получил и является лишь историко-богословским памятником. Для Гаспаро Контарини заключительная стадия коллоквиума стала наглядной демонстрацией непреклонности протестантов; его надежды на лёгкое достижение религиозного мира и согласия были разрушены. В письме кардиналу А. Фарнезе, отправленном после завершения коллоквиума, Гаспаро Контарини давал общую оценку германскому протестантизму и предлагал перечень мер для борьбы с его влиянием, которое является одной из первых последовательных программ Контрреформации. Согласно Гаспаро Контарини, в политическом аспекте Папский престол должен заручиться поддержкой государственных властей и любыми средствами препятствовать переходу католических князей в протестантизм, поскольку это приводит к быстрому распространению протестантизма на подвластных им территориях. Негативное отношение народа к католической церкви Гаспаро Контарини предлагал преодолевать путём церковных реформ, подчёркивая, что необходимо поставлять в епископы лишь людей безупречной жизни и заботиться о назначении способных пастырей, учителей и проповедников, которые могли бы наставлять и просвещать верующих. Кроме того, Гаспаро Контарини предлагал пойти на уступки протестантам в обрядовых вопросах, в частности, разрешить причащение под двумя видами. Часть этих идей Гаспаро Контарини выразил также в речи, с которой он как папский легат выступил перед присутствовавшими на рейхстаге германскими епископами 7 июля 1541 г.