Результат этих мер был следующий: с одной стороны, государственная казна стала пополняться, а дефицит бюджета, хотя и очень медленно, сокращаться; с другой стороны – военные были недовольны маленьким жалованьем, которое часто не выплачивалось в срок. Судовладельцы требовали передать им таможенные сборы в качестве компенсации за расходы, понесённые в годы революции. Недовольство этих групп населения было столь велико, что произошло несколько вооружённых выступлений. Одно из них привело к потере почти всего флота, который сожгли оппозиционеры. Другое, самое мощное, было умело использовано врагами президента для подготовки его убийства и пошло на спад только после смерти И. Каподистрии в октябре 1831 г. Таким образом, небольшой финансовый успех обернулся политической катастрофой. В оппозиции президенту оказались традиционные элиты, многие ветераны революции, а также представители «английской» и «французской» партий, видевшие в И. Каподистрии агента влияния России. Уже к концу 1829 г. оппозиция приняла организованный характер. Весной 1830 г. события вышли из-под контроля президента. Оппозиция перешла к вооружённым формам борьбы, первым проявлением которых стало восстание в Мани на Пасху 1830 г. Оно было организовано семьёй Мавромихалисов, недовольных политикой И. Каподистрии. Восстание в Мани продолжалось с перерывами до октября 1831 г. Его кульминацией стало убийство И. Каподистрии в Нафплионе членами семьи Мавромихалисов. Два родственника арестованного за участие в беспорядках в Мани Мавромихалиса подстерегли И. Каподистрию у входа в храм св. Спиридона Тримифунтского и смертельно ранили его из пистолета, а затем нанесли удар кинжалом. Одного из убийц забила насмерть толпа очевидцев покушения, другой был выдан местным властям французской миссией, где пытался укрыться, и впоследствии казнён. Со смертью И. Каподистрии изменился политический режим в стране, многие его реформы были отменены, началась гражданская война. Одной из приоритетных задач для И. Каподистрии было сохранение в стране православия и укрепления церкви. Через несколько дней после прибытия в Грецию он провёл первое совещание по церковному вопросу. Уже в январе 1828 г. для всестороннего изучения положения дел в церкви был создан Церковный комитет в составе пяти архиереев. Фактически он стал временной высшей церковной инстанцией в стране. Затем было основано Министерство по делам церкви и народного просвещения. Несмотря на плачевное состояние государственных финансов, президент старался по мере возможности выделять средства на восстановление разрушенных в годы революции храмов. При И. Каподистрии была предпринята попытка выплачивать государственное жалованье духовенству. После смерти президента клир стал получать государственное жалованье только в годы диктатуры «чёрных полковников» (1967–1974 гг.). И. Каподистрия пытался сберечь церковное имущество от расхищения и передачи в казну и направить денежные средства на обеспечение духовенства и финансирование системы образования.