Сохранявшие организацию воинские подразделения также были далеки от европейской модели регулярной армии и представляли собой разрозненные отряды, подчинявшиеся лишь своему капитану. С воинской дисциплиной, единым командованием и новыми образцами вооружения греческие повстанцы не были знакомы. Необходимо было принимать радикальные меры в борьбе с сухопутным и морским разбоем, создать армию и флот европейского образца. В борьбе с пиратством существенную помощь президенту оказали морские силы некоторых европейских держав. Разбойникам и пиратам давалась возможность оставить свой промысел и перейти на службу в регулярную армию и флот, но государство было не в состоянии платить им достойное жалованье. Кроме того, бывшие повстанцы не желали подчиняться дисциплине и носить европейскую военную форму. В результате большинство разбойников отказывались сотрудничать с государством. И. Каподистрия занимался созданием боеспособной централизованной армии вместо повстанческих отрядов. Было образовано четыре батальона регулярной пехоты, двадцать батальонов легкой пехоты, два эскадрона регулярной кавалерии, эскадрон лёгкой кавалерии, а также артиллерийский батальон. Нехватку национальных офицерских кадров должны были восполнить выпускники первого в стране офицерского училища – Школы эвельпидов (с 1928 г.). И. Каподистрия позаботился и о церковном окормлении армии, заложив основы института полковых священников. Развитие системы образования занимало важное место во внутренней политике И. Каподистрии. При нём в Греции впервые появились государственные школы, которые должны были сделать среднее образование доступным более широким слоям населения. Несмотря на катастрофическое состояние государственной казны, правительство находило деньги на их финансирование. При личном участии И. Каподистрии были основаны сиротский приют на острове Эгина и другие не только начальные, но и средние специальные учебные заведения. В дальнейшем планировалось открытие национального университета. Программы и методики преподавания в созданных в те годы учебных заведениях повторяли европейские образцы: И. Каподистрия представлял независимую Грецию современным европейским государством, которому требовались соответствующим образом подготовленные кадры. Основанные И. Каподистрией школы были организованы по монастырскому принципу, в них обучение наукам сочеталось с православным воспитанием. За трапезой ученикам читались Жития святых. По планам И. Каподистрии, ориентированное на европейские образцы законодательство, а также система судов должны были заменить в Греции некоторые социальные и правовые институты османской эпохи. Были предприняты шаги по созданию собственного законодательства: введён в действие гражданско-процессуальный кодекс, основанная президентом система судов начала работать, однако составление греческих законов требовало времени.В каждый город назначался мировой судья, а в каждой провинции создавался суд первой инстанции.