Доставшаяся ему в наследство от эпохи революции политическая нестабильность (Тризинскому Национальному собранию предшествовал период гражданских войн) требовала укрепления вертикали власти. В связи с этим И. Каподистрия взял курс на ограничение полномочий парламента и замещение его функций новым представительным органом – Панэллинионом, который комплектовался членами, назначенными президентом, в большинстве своём не связанными с местными элитами, и имел узкие полномочия. Аналогичным образом строилась и исполнительная власть, во главе которой стоял центральный секретариат, подчинявшийся лично президенту. Упорядочению системы управления способствовало и введение нового административно-территориального деления страны на провинции (номы). Стараясь пресечь злоупотребления местных чиновников, И. Каподистрия назначал номархов не из числа местных жителей. Запланированное на апрель 1829 г. очередное Национальное собрание он созвал только в июле, преимущественно из верных себе людей. Стремление И. Каподистрия ограничить власть местной верхушки привело к формированию объединённой оппозиции, так называемой конституционной партии. Против президента выступали английские и французские филэллины, фанариоты, кодзабасы, военачальники из Северной и Центральной Греции, жители горной области Мани с главенствовавшим там кланом Мавромихалисов. Президента поддерживали, в основном, пелопоннесские военачальники во главе с Т. Колокотронисом, выходцы с Ионических островов, образованные греки родом с территорий, оставшихся за пределами формировавшегося государства, а также некоторые филэллины, в том числе будущий член регентства баварец К. фон Гейдек. Эти люди составили так называемую партию кивернетиков, или президентскую партию. Желание И. Каподистрии отстранить от власти старую олигархическую верхушку проистекало из его представления о том, что греческое государство должно быть не просто преемником османской власти, но принципиально новым, построенным по европейскому образцу. Кроме того, старые политические лидеры скомпрометировали себя бесконечными ссорами, уже несколько раз перераставшими в гражданскую войну. Политическим решением было и принятие на последнем году правления президента специального регламента, ограничивавшего свободу печати. Пытаясь усмирить разбушевавшуюся оппозицию, И. Каподистрия установил внушительный штраф для издателей, размещавших на страницах своих газет и журналов материалы, которые оскорбляли президента и правительство. К концу революции (1829 г.) страна была наводнена вооружёнными людьми, значительная их часть открыто занимались разбоем или пиратством.