После начала греческой национально-освободительной революции в марте 1821 г. И. Каподистрия стал её горячим приверженцем и всячески подталкивал императора к началу Русско-турецкой войны. Но Александр I был сторонником другой политической линии, поэтому с конца 1821 г. стал постепенно отстранять И. Каподистрию от важных дел. В мае 1822 г. последовала его фактическая отставка. Официально И. Каподистрия числился в отставке по собственной просьбе с 1827 г. В августе 1822 г. он покинул Санкт-Петербург и переехал в Женеву, где получил статус почётного гражданина за прошлые дипломатические заслуги перед этим кантоном. В Швейцарии провёл пять лет, пристально наблюдая за ходом греческой революции и оказывая ей посильную помощь; поддерживал тесные контакты с местной греческой общиной и содействовал национальным образовательным учреждениям. Уже в первые месяцы революции 1821 г. греки начали формировать независимые государственные институты. Их развитие привело к созданию президентской республики ещё до того, как греческое государство получило официальное международное признание. Тризинское Национальное собрание в 1827 г. ввело в стране пост президента и приняло соответствующую временную конституцию. Тогда же И. Каподистрия был избран президентом на семь лет. На этом настаивал самый авторитетный греческий военачальник Теодорос Колокотронис, его же кандидатуру благодаря стараниям английских филэллинов Чёрча и Кохрана поддержала английская группировка, хотя позиция британского правительства в отношении И. Каподистрии уже тогда была враждебной. В начале 1828 г. И. Каподистрия принял руководство страной, юридически ещё не признанной международным сообществом. Однако фактически с 1822 г. европейские державы начали признавать греческих повстанцев воюющей стороной, а в 1827 г. оказали им прямую военную поддержку: 8(20) октября 1827 г. объединённая англо-франко-русская эскадра разгромила турецко-египетский флот в Наваринской бухте. Впоследствии державы-покровительницы собирались согласовать форму правления и политическое устройство Греции. Осенью 1828 г. состоялась встреча дипломатов этих держав на острове Порос, где обсуждались границы будущего греческого государства. За относительно небольшой период пребывания у власти (1828–1831 гг.) И. Каподистрия успел принять ряд мер в разных сферах внутренней политики. Несмотря на то, что не все они принесли ожидаемые плоды, общее направление деятельности И. Каподистрии прослеживается достаточно ясно: он стремился создать для соотечественников государство европейского типа, основанное на ценностях эпохи Просвещения. За службу в качестве президента Греции И. Каподистрия не получал вознаграждения, чтобы не обременять государственную казну. Напротив, предоставил в распоряжение государства собственные сбережения. В области внешней политики главную задачу И. Каподистрия видел в максимальном расширении границы будущего греческого государства, пользуясь тем, что ведущие державы ещё не пришли к единому мнению по этому вопросу. И. Каподистрия постарался распространить греко-турецкий конфликт на как можно большую территорию. Были активизированы боевые действия в Центральной Греции.