Особую остроту сохраняла проблема национальных земель, с начала революции ставшая политической. И. Каподистрия мечтал сделать Грецию экономически независимой. Необходимые для этого деньги в бюджете отсутствовали, поэтому помимо жёсткой экономии он видел выход в решении земельной проблемы. Часть земель должна быть роздана безземельным крестьянам и ветеранам революции, другая часть – продана за наличные деньги, которые укрепят государственную казну. Однако его политика в этом вопросе вызвала саботаж со стороны традиционных местных землевладельческих элит – кодзабасов, мечтавших завладеть бывшим турецким имуществом. Кодзабасы были против продажи земель местных крестьян и препятствовали передаче земли крестьянам. Несмотря на сопротивление, И. Каподистрии удалось раздать беженцам и ветеранам часть национальных земель, но в целом аграрный вопрос остался нерешённым. Положительным новшеством в сельском хозяйстве стало введенное И. Каподистрией выращивание картофеля, способствовавшее снижению риска массового голода в неурожайные годы. Одну из важнейших проблем представляло собой плачевное состояние государственных финансов. Прибыв в Грецию, президент обнаружил казну пустой и обременённой долгами. Предстояло выплачивать лондонским банкирам деньги, данные взаймы греческим повстанцам в годы революции, возвращать долги греческим судовладельцам, предоставившим корабли и снаряжение в распоряжение революционных правительств и др. И. Каподистрия начал с того, что ввёл новую валюту, основной единицей которой стал серебряный феникс, равный шести османским курушам. К лету 1829 г. была разработана национальная денежная система, предполагавшая чеканку золотой, серебряной и медной монеты. Был основан Национальный монетный двор. Самой крупной денежной единицей была золотая афина, равная 20 фениксам, самой мелкой – медный пендарион, составлявший 1/300 часть феникса. Однако в связи с острой нехваткой драгоценных металлов денег было отчеканено немного, и большая часть торговых операций в тот период совершалась при помощи иностранных валют. Неудачной была попытка правительства ввести в обращение ассигнации, не имевшие золотого обеспечения. При непосредственном участии И. Каподистрии был основан первый национальный банк, целью которого было привлечение в страну капиталов богатых соотечественников из-за рубежа. Но преуспевшие, в основном, в торговле, представители греческой диаспоры не торопились доверять свои накопления молодому греческому государству, и эта мера не дала желаемого результата. Наиболее эффективной для оздоровления национальных финансов была фискальная политика И. Каподистрии. Он отменил существовавшую в годы революции систему налоговых откупов, позволявшую правительству не платить жалованье военным. Командиры отрядов фактически «кормились» с определённых территорий, казна же при этом оставалась пустой. Теперь для сбора налогов и таможенных пошлин были назначены специальные чиновники, а военным определено фиксированное жалованье.