В начале 1809 г. И. Каподистрия прибыл в Санкт-Петербург. Первое время не имел конкретной должности и занимался составлением аналитических записок по Восточному вопросу. В 1811 г. был назначен внештатным секретарём российского посольства в Австрии. Помимо официальной миссии, которая заключалась в развитии российской внешней торговли, И. Каподистрия занимался сбором информации политического характера при помощи обширной греческой диаспоры в Вене. В апреле 1812 г. И. Каподистрия был назначен руководителем дипломатической канцелярии командующего Дунайской армией, которая завершала войну с Османской империей. После вторжения Наполеона вместе с этой армией под командованием Павла Васильевича Чичагова И. Каподистрия принимал участие в Отечественной войне 1812 г., а после изгнания Наполеона из России возглавил дипломатическую канцелярию при командующем союзной русско-прусской армией Михаиле Богдановиче Барклае-де-Толли. В конце 1813 – начале 1814 вг. И. Каподистрия выполнял чрезвычайное дипломатическое поручение в Швейцарии, способствуя мирному урегулированию конфликта в этой стране и установлению её нейтралитета. С осени 1814 г. И. Каподистрия принимал участие в работе Венского конгресса, решавшего судьбу Европы после разгрома наполеоновской Франции. В 1815 г. И. Каподистрия был назначен статс-секретарём Российской империи по иностранным делам. В этом качестве провёл заключительные мирные переговоры с Францией и 20 ноября 1815 г. подписал Парижский мирный договор от имени России. Занимая столь ответственный пост, прилагал значительные усилия к тому, чтобы облегчить участь соотечественников, находившихся под иноземным владычеством. Его стараниями в Парижском договоре был закреплён автономный статус Ионических островов. Однако последующие попытки И. Каподистрии смягчить установленный там Англией колониальный режим оказались бесплодными. И. Каподистрия проявил себя как сторонник создания независимого государства на греческих землях Османской империи. Революционный путь достижения этой цели он считал ошибочным, поэтому не поддержал тайное революционное общество греков «Филики этерия». И. Каподистрия полагал, что необходимыми предпосылками создания свободной Греции являются народное просвещение и поддержка европейских держав. В связи с этим способствовал деятельности просветительского общества «Филомузос этерия» и пытался склонить императора Александра I к активным действиям в пользу греков. Путь к освобождению, выбранный И. Каподистрией, требовал много времени на подготовку, таким образом, свержение османской власти откладывалось на неопределённый срок, поэтому те, кто стремились к скорейшему завоеванию свободы, сочли этот план неудачным. Тем не менее, руководители «Филики этерии» пытались создать впечатление, будто их организацию возглавляет И. Каподистрия, и тем самым придать обществу больший авторитет. К началу 1820 гг. в связи с нарастанием новой революционной волны в Европе, угрожавшей международной стабильности, усилились расхождения во взглядах И. Каподистрии и Александра I на российскую внешнюю политику, в основе этих расхождений был греческий вопрос.