Рукописей полного текста кодекса периода раннего Средневековья, за исключением Веронского палимпсеста, не сохранилось. Существуют эпитомы (сокращённые редакции текста) «Кодекса Юстиниана» достаточно позднего происхождения (XI в.), которые, по мнению исследователей, были созданы для нужд практикующих юристов. В них нередко нет и надписей и подписей к императорским постановлениям. Ещё одна их особенность – отсутствие трёх последних книг «Кодекса Юстиниана», однако исследователи не могут установить, сознательно ли они исключались из рукописей или просто утрачены. С конца XI в. появляются рукописи, включающие неэпитомированный текст «Кодекса Юстиниана». Уже эпитомы содержат схолии, в которых воспроизводятся императорские постановления, исключённые из основного текста. Рукописи XII в. представляют собой восстановленный текст «Кодекса Юстиниана»: по мнению исследователей, к эпитомированным текстам прибавлялись исключённые из них постановления. Исследователи предполагают, что у переписчиков (не обязательно профессиональных: в ряде случаев переписывать рукопись могли юристы для собственных нужд) были древние экземпляры полного текста кодекса, по которым они и дополняли эпитомы, не переписывая их полностью. В данном случае проблему составлял порядок расположения императорских постановлений. К числу таких эпитом «Кодекса Юстиниана» исследователи относят рукопись Pistoia ms. C 106, рукопись из Парижской национальной библиотеки и рукопись из Дармштадта. Первая рукопись воспроизводит только некоторые латинские конституции из книг 1–8; сохранилась почти треть текста этих книг «Кодекса Юстиниана». Самыми ранними рукописями, содержащими восстановленный текст «Кодекса Юстиниана», в настоящее время исследователи считают берлинские рукописи, а также рукопись из Монпелье. В эпоху глоссаторов многочисленные рукописи (так называемые болонские кодексы – Codices Bononienses, к которым исследователи относят в том числе рукописи Berolin. lat. Fol. 273 и Montispessulanus H. 82) содержали две части текста «Кодекса Юстиниана» – книги 1–9 (сохранилось не меньше 200 рукописей) и книги 10–12 (сохранилось около сотни рукописей). Недостатком этих рукописей исследователи считают то, что в них есть многочисленные исправления и дополнения, которые вносили произвольно сами переписчики. Важным для исследования «Кодекса Юстиниана» исследователи считают также сочинение «Summa Perusina», единственная рукопись которого сохранилась в библиотеке Перуджи. Оно представляет собой составленный в VII в. (рукопись датируется XI в.) краткий пересказ, толкования и комментарий к конституциям «Кодекса Юстиниана» (иногда воспроизводятся и сами тексты императорских конституций, например, знаменитый эдикт императора Феодосия I «Cunctos populos», который помещён в самом начале памятника). Тексты распределены в соответствии с книгами и титулами «Кодекса Юстиниана». Хотя тексты греческих конституций не приводятся, иногда их местоположение обозначается словами «lex Graeca». Источником сведений о «Кодексе Юстиниана» исследователи считают также западные канонические сборники, в которые были включены его фрагменты.