Исследователи не исключают вероятность того, что в части, касающейся частного права, юстиниановские юристы ориентировались на рубрикацию не «Кодекса Феодосия», а «Диоклетиановых кодексов», как и составители «Кодекса Феодосия». В этом случае из-за общности прототипа наименования и порядок расположения титулов «Кодекса Феодосия» и «Кодекса Юстиниана» совпадают, а их нормативно-правовое содержание различается. Нормативно-правовой материал организован в «Кодексе Юстиниана» более последовательно и логично, на более высоком уровне юридической техники, чем в «Кодексе Феодосия». Наиболее существенное отличие структуры «Кодекса Юстиниана» исследователи видят в перенесении титулов по церковно-правовой проблематике в самое начало кодекса. Император Юстиниан разрешил частным писцам изготавливать и продавать копии изданных им кодексов, в том числе и «Кодекс Юстиниана» второго издания, установив при этом строгие правила изготовления копий. Копии «Кодекса Юстиниана», подписанные императором, должны были быть сначала разосланы в провинции империи, а затем уже могли копироваться писцами. На западе, в Италии, «Кодекс Юстиниана» (как и другие части «Свода Юстиниана») получил распространение с 554 г., когда император Юстиниан, отвечая на «просьбу» папы Вигилия (которого в это время насильственно удерживали в Константинополе), направил на запад экземпляры своих кодексов, в том числе «Кодекс Юстиниана». Император Юстиниан запретил писцам использовать сокращения (sigla) при переписывании текстов законов. Сокращения, несомненно, могли приводить к различным интерпретациям одного и того же текста, т.е. к двусмысленностям и разночтениям, от которых император Юстиниан стремился очистить правовые акты. Впервые запрет использовать сокращения был установлен в конституции «Deo auctore. 13», затем повторен в конституциях «Omnem. 8» и «Tanta. 22», а также в конституции «Cordi», вводящей в действие «Кодекс Юстиниана» второго издания («Мы приказываем совершать запись этого кодекса по образцу наших «Институций» и «Дигест», устранив всякие вызывающие сомнение обозначения, чтобы всё, что нами составлено, и в написании, и в самом законе являлось одинаково ясным и понятным, хотя бы из-за этого общий объём этого кодекса и увеличился»). Сложность реконструкции текста «Кодекса Юстиниана» для исследователей состоит, прежде всего, в неоднозначности и неравнозначности двух традиций его передачи – западной и восточной. Если в западной традиции не воспроизводились греческие конституции, то в восточной латинская часть «Кодекса Юстиниана» была переведена на греческий язык и поэтому доступна исследователям только в переводе и пересказе. Перед современными издателями «Кодекса Юстиниана» стояла сложная задача соединения этих двух традиций. Древнейшей рукописью «Кодекса Юстиниана» второго издания исследователи считают Веронский палимпсест VI в. (возможно, начала VII в.), который воспроизводит текст кодекса со значительными пропусками: в нём нет фрагментов книг 4–8 и 11–12; отсутствуют или неверно указаны инскрипции императорских постановлений.