«Кодекс Юстиниана» второго издания состоит из 12 книг. Книги разделены на титулы. Титулы имеют наименования и включают фрагменты императорских постановлений, расположенные в хронологическом порядке. В первой книге содержатся постановления по религиозным вопросам (титулы 1–13), затем расположен материал, касающийся источников права (титулы 14–23). К источникам права отнесены различные виды императорских постановлений, приравненные в соответствии с критериями новой формы позитивации права к всеобщим законам; решения сената, санкционированные авторитетом императора, а также юридическая доктрина. Не все мнения юристов наделяются общеобязательной юридической силой, но только те, которые включены в принятый императором кодекс фрагментов сочинений древних знатоков права – в «Дигесты». В титул 17 первой книги «Кодекса Юстиниана» помещены две конституции. Первая – «Deo auctore», в которой содержатся инструкции по составлению «Дигест». Она была помещена в «Кодекс Юстиниана» второго издания на том основании, что в ней зафиксирована программа составления «Дигест» (впоследствии в первоначальную программу были внесены изменения). Второй в титуле приведена конституция «Tanta», вводящая в действие «Дигесты». Таким образом, составители «Кодекса Юстиниана» внесли существенное изменение в его второе издание по сравнению с «Novus Codex»: они отказались от воспроизведения закона о цитировании и создали титул, целиком посвящённый «Дигестам». Вместе с тем, за некоторыми исключениями, по структуре второе издание «Кодекса Юстиниана» не должно было существенно отличаться от первого издания. Вопрос о рескриптах рассматривается только в титуле 23 первой книги. На том основании, что титул о рескриптах помещён отдельно от титулов, в которых рассматриваются императорские конституции как источник права, Ф. Де Виссер пришёл к выводу: при императоре Юстиниане рескрипты утратили всякую юридическую силу. Однако император признаёт правовое значение рескриптов, которое заключается в том, что они становятся актами официального толкования норм права. Далее в первой книге «Кодекса Юстиниана» рассматриваются обязанности чиновников различного ранга (титулы 24–57). Книги 2–8 посвящены частноправовым институтам, при этом материал организован в целом в соответствии с системой «Вечного Эдикта». В девятую книгу включены положения уголовного материального и уголовного процессуального права. В книгах 10–12 рассматриваются вопросы, касающиеся права фиска, налогов и сборов, а также чиновничьей иерархии. Исследователи отмечают, что структура «Кодекса Юстиниана» во многом совпадает с системой «Кодекса Феодосия» в отношении частного и публичного права. Впрочем, в некоторых случаях юстиниановские компиляторы воспроизводили название титула «Кодекса Феодосия», но не включали ни одной конституции из него. Причиной этого исследователи считают, в первую очередь, плохую сохранность соответствующих титулов кодексов (и, прежде всего, «Кодекса Феодосия»). Кроме того, исследователи предполагают, что составители «Кодекса Юстиниана» первоначально воспользовались структурой «Кодекса Феодосия», заимствовав его деление на рубрики и наименования титулов, а затем стали распределять по этим титулам соответствующие фрагменты конституций.