Вместе с тем, по мнению некоторых исследователей, император Юстиниан отказывается от предложенного императором Феодосием II деления конституций по признаку религиозной принадлежности издавших их императоров. Структура раздела церковного права «Кодекса Юстиниана» во многом повторяет схему шестнадцатой книги «Кодекса Феодосия». Первый титул первой книги «Кодекса Юстиниана» представляет собой введение как в кодекс в целом, так и в раздел церковного права (в нём же излагаются основные вероучительные догматы); второй титул посвящён привилегиям церковных организаций и учреждений; третий – правам и обязанностям клириков; четвёртый – епископскому суду; пятый и шестой – еретикам. В седьмом титуле говорится об отступниках от веры; в восьмом титуле, состоящем из одной конституции от 427 г., содержится запрет напольного изображения знака Христа (signum Christi, хризмы); девятый титул посвящён иудеям; в десятом титуле устанавливаются запреты еретикам, язычникам и иудеям владеть рабами-христианами; одиннадцатый титул посвящён языческим жертвоприношениям и храмам; двенадцатый – праву убежища в христианских храмах; тринадцатый – освобождению из рабства (манумиссии), совершаемому в церкви. Хотя в «Кодексе Юстиниана» есть отступления от структуры шестнадцатой книги «Кодекса Феодосия», в целом совпадений достаточно много. В «Кодексе Юстиниана» воспринята концепция организации нормативно-правового материала по тем же сферам государственно-конфессиональных отношений, что и в «Кодексе Феодосия». Юстиниановские юристы добавили два титула, касающиеся предоставления убежища и освобождения из рабства в храмах (в «Кодексе Феодосия» эти титулы размещались соответственно в девятой и четвёртой книгах). Кроме того, они включили в церковно-правовой раздел титул, посвящённый епископскому суду, который в «Кодексе Феодосия» был расположен не в шестнадцатой, а в первой книге. Таким образом, единственным новшеством юстиниановских юристов является восьмой титул. Существенные изменения коснулись содержания титулов. Так, первый, вводный титул значительно расширен по сравнению с введением в шестнадцатую книгу «Кодекса Феодосия» и содержит подробное изложение догматов. В первые титулы «Кодекса Юстиниана» включено множество постановлений, принятых именно Юстинианом, а не его предшественниками. Большое внимание в «Кодексе Юстиниана» помимо догматов веры уделяется канонам. Они получают силу закона, принятого императором. Противоречащие канонам прагматические санкции лишаются юридической силы. Помимо раздела, посвящённого собственно церковному праву, в «Кодексе Юстиниана» в ряде других титулов содержатся церковно-правовые нормы. Так, двенадцатый титул третьей книги посвящён религиозным праздникам; титул 44 той же книги – процедуре похорон и местам захоронений. В пятой книге содержатся нормы, регулирующие брачно-семейные отношения: четвёртый титул посвящён общим вопросам признаваемого правом брака; титулы 5–7 – незаконным союзам; девятый титул – повторным бракам и их правовым последствиям; в семнадцатом титуле рассматриваются основания для развода, процедура развода и его последствия. В тринадцатом титуле девятой книги устанавливается наказание за похищение посвятивших себя Богу дев и вдов.