В 1559 г. Максимилиан II под угрозой отлучения от католической церкви и лишения права на императорскую корону заявил о своей лояльности католической церкви и прекратил открытую защиту протестантизма. Ведя борьбу с распространением протестантизма в Вене, Пётр Канизий должен был решать вопросы о том, какими средствами вести эту борьбу, и какие меры являются наиболее эффективными. Свои соображения на этот счёт он сообщил Игнатию Лойоле; в ответ тот 18 августа 1554 г. направил Петру Канизию пространное письмо-инструкцию (впоследствии получило известность как своеобразная иезуитская «программа Контрреформации»). В нём Игнатий Лойола предостерегал Петра Канизия от каких-либо самостоятельных действий против протестантов, за исключением проповеди. Все меры должны инициироваться светскими властями, в то время как задачей иезуитов является лишь побуждать власти к принятию таких мер. Игнатий Лойола обращал внимание на то, что наиболее важным является уничтожение не «плодов» деятельности протестантов, но её «корней» и «причин», предлагая перечень необходимых действий: 1) следует добиваться удаления протестантов из королевских и городских советов и вообще с любых официальных постов, по возможности лишая их имущественных прав; 2) протестантам должно быть запрещено преподавание в университетах и в любых других учебных заведениях; студенты, активно пропагандирующие протестантизм, должны отчисляться; 3) хранение еретических книг и их продажа должны быть запрещены под угрозой наказания; следует запретить даже книги научной тематики, написанные протестантами; 4) клириков, замеченных в симпатиях к протестантизму, надлежит немедленно лишать сана и бенефициев; при этом по возможности следует принимать такие же меры против клириков, не способных к проповеднической и пастырской деятельности по причине собственного невежества или ведущих порочную жизнь, т.к. они служат постоянным источником соблазна для верующих. Особо жёсткие меры Игнатий Лойола предлагал принимать против протестантских проповедников: их следует заключать под стражу; если в течение месяца они не принесут покаяния и не изменят своих взглядов, их надо лишать гражданских прав и изгонять из города. Игнатий Лойола считал, что в отдельных случаях к наиболее упорным проповедникам можно применять смертную казнь, однако отмечал, что в германских землях такие жёсткие меры едва ли осуществимы на практике, т.к. немедленно приведут к народному возмущению.