Пётр Канизий читал лекции по четвёртой книге «Сентенций», в которой излагается учение о таинствах и о церкви. Осознавая, что без организации на достойном уровне начального классического образования преподавание теологии в университете обречено на неудачу, иезуиты ходатайствовали перед герцогом Вильгельмом IV об открытии в Ингольштадте иезуитской коллегии; это ходатайство поддержал и Игнатий Лойола из Рима. Хотя герцог дал обещание открыть коллегию, с его выполнением он не спешил: не вполне доверял иезуитам и опасался интриг с их стороны, к тому же не желал тратить большие средства на организацию коллегии. Его сын и преемник герцог Альбрехт V Великодушный отложил открытие коллегии на неопределённый срок. В этих условиях иезуиты, продолжая читать лекции в университете, начали вести особые подготовительные занятия со студентами, в ходе которых стремились обучить их латинскому и греческому языкам и дать базовые знания в области аристотелевской философии, главным образом, логики и этики. В письмах другу Пётр Канизий отмечал, что, хотя формально Ингольштадт оставался католическим, его жители перестали соблюдать посты, редко посещали храмы и неохотно приступали к таинствам покаяния и евхаристии. В городе была широко распространена протестантская литература, книги Мартина Лютера (1483–1546 гг.) и других реформатов. Попытки Петра Канизия убедить горожан уничтожить эти книги и ссылки на папскую буллу «In Сoena Domini», в которой под угрозой отлучения запрещалось чтение «еретических» книг, не имели никакого успеха и лишь вызывали у жителей неприязнь к нему и другим иезуитам. В середине 1550 г. Игнатий Лойола, недовольный задержкой с открытием коллегии, отозвал из Ингольштадта сначала Леже, а затем Сальмерона; Пётр Канизий продолжал работу в университете. Нередко он принимал исповедь у студентов, склоняя наиболее способных из них к вступлению в иезуитский Орден. По мнению исследователей, именно в узком кругу таких последователей Пётр Канизий читал лекции по «Сумме теологии» Фомы Аквинского и вёл духовные беседы с целью побудить студентов сочетать богословскую учёность с активной религиозной жизнью. Со времени приезда в Ингольштадт он регулярно произносил проповеди на латинском и немецком языках; постепенно его аудитория росла, и он несколько раз был вынужден менять храм, в котором проповедовал, на более вместительный. Пётр Канизий пользовался уважением коллег по университету, причём даже тех, кто были тайными приверженцами протестантизма. Несколько раз его избирали деканом теологического факультета; в 1550 г. он был выбран на полугодовой срок ректором университета. Следуя рекомендации Игнатия Лойолы, на посту ректора Пётр Канизий ограничивался лишь общими усилиями, направленными на побуждение студентов вести более строгую христианскую жизнь и на ограничение протестантского влияния в университете. В конце 1551 г. он был назначен на пост вице-канцлера (канцлером университета ex officio был епископ Айхштеттский), отвечавшего за присвоение учёных степеней и возглавлявшего торжественные церемонии. В начале 1552 г. по приказу Игнатия Лойолы Пётр Канизий вместе с другими иезуитами покинул Ингольштадт. В письме генерала Общества Иисуса к герцогу называлась причина: иезуиты были нужны в Вене для работы над католическим катехизисом, который захотел создать эрцгерцог Австрии Фердинанд I (император Священной Римской империи в 1556–1564 гг.; см. ст. Габсбурги). 9 марта 1552 г. Пётр Канизий прибыл в Вену. В течение нескольких лет его главным занятием была работа над катехизисом. Наряду с этим он активно участвовал в деятельности открытой в 1551 г. венской иезуитской коллегии: вёл там занятия и исполнял обязанности инспектора. Желая возродить в подвластных ему землях католическое образование и духовность, Фердинанд I вместе с тем не мог не учитывать того, что многие влиятельные жители его территорий и ряд правителей сопредельных германских княжеств, в финансовой и военной поддержке которых он нуждался, были убеждёнными протестантами, поэтому его политика по отношению к протестантизму была весьма умеренной и терпимой. Результатом такой индифферентности стал глубокий кризис католической церкви в Австрии: многие католические священники перешли в протестантизм и покинули свои приходы, новые священники не рукополагались из-за отсутствия желавших нести служение, большинство бедных сельских приходов оказались без священников.