Столкновение с архиепископом Германом фон Видом принесло Петру Канизию известность среди противников Реформации; постепенно о нём как о защитнике католицизма стали узнавать церковные и светские власти за пределами Кёльна. По поручению местного духовенства он ездил на заседание рейхстага в Вормсе (1545 г.), где вручил императору Карлу V петицию с просьбой защитить католическую веру в Кёльне от посягательств Германа фон Вида. Впоследствии Пётр Канизий ещё несколько раз встречался с императором и обращался к нему и к влиятельным князьям (в том числе к Георгу Австрийскому, князю и архиепископу Льежа) с ходатайствами о низложении Германа фон Вида. С началом Шмалькальденской войны (1546–1547 гг.) Карл V смог открыто выступить против архиепископа и обратился к папе Римскому Павлу III с требованием положить конец его протестантской деятельности. 3 июля 1546 г. папа Павел III низложил Германа фон Вида с кафедры и отлучил его от католической церкви, однако тот ещё почти год управлял архиепископством; лишь 25 февраля 1547 г. Карл V вынудил его отказаться от княжеской власти. Кёльнскую кафедру занял ревностный католик Адольф фон Шаумбург, запретивший протестантским проповедникам появляться в пределах архиепископства. Осенью 1544 г. Пётр Канизий читал в коллегии Монтанум курс лекций по Евангелию от Матфея. В 1546 г. подготовил и издал в Кёльне два собрания святоотеческих творений: трёхтомное собрание сочинений и писем Александрийского архиепископа Кирилла в латинском переводе (по мнению исследователей, это издание во многом зависело от издания гуманиста и протестанта Иоганна Эколампадия, которое вышло в Базеле в 1528 г.) и том сочинений папы Римского Льва I Великого. В посвящении первого тома сочинений Александрийского архиепископа Кирилла Пётр Канизий объяснял важность их издания тем, что древние святители должны служить образцом как в учении, так и в жизни для католических иерархов. По его словам, «даже наихудшие люди не смогли бы отрицать апостольский авторитет (apostolicam potestatem) епископов, если бы они видели в них апостольское благочестие (apostolicam pietatem)»; таким образом, уже в это время Пётр Канизий рассматривал исправление злоупотреблений, имеющихся в католической церкви, и улучшение нравов католического духовенства в качестве лучшего средства борьбы с Реформацией. Занимаясь церковной наукой, Пётр Канизий вместе с тем готовился к тому, чтобы стать священником. В конце 1544 г. он был рукоположён в диакона; в 1545 г. начал произносить воскресные проповеди в небольшой кёльнской церкви. В июне 1545 г. Пётр Канизий получил в университете степень «библейского бакалавра», в октябре того же года стал бакалавром теологии. Пресвитерская хиротония Петра Канизия была совершена архиепископским викарием Иоганном Нёпелем 13 июня 1546 г. Находясь при дворе императора Карла V, Пётр Канизий лично познакомился со многими влиятельными католическими иерархами Германии, в том числе с епископом Аугсбургским кардиналом Отто Трухзесом фон Вальдбургом, который впоследствии оказывал ему покровительство. По поручению кардинала Отто Трухзеса фон Вальдбурга Пётр Канизий в начале 1547 г. прибыл в Тренто для участия в качестве представителя кардинала в заседаниях Тридентского собора (1545–1563 гг.).