В «Исповеди» Пётр Канизий передавал свои переживания в эти дни, обращаясь с молитвой к Богу: «Ты знаешь, Господи, с какой силой и властью в те самые дни ты поручил мне Германию, чтобы она стала для меня главной заботой, чтобы ей я отдал всего себя, чтобы для неё я стремился жить и ради неё был готов умереть». Игнатий Лойола составил для направлявшихся в Баварию иезуитов особое напутственное письмо с подробными инструкциями относительно того, как им следовало вести себя в Германии. В письме он выделял главную и вспомогательную цели (finis) деятельности иезуитов: прежде всего, они должны были, выполняя данное им папское повеление, стремиться к тому, чтобы привести как герцогство, так и всю Германию «к правильности веры, к послушанию Церкви, к твёрдости и здравости в учении и жизни». Для осуществления этого, по словам Игнатия Лойолы, требовалось выполнение второй цели: учредить в Ингольштадте и в других городах Германии иезуитские коллегии «ради общего блага и славы Божией». Игнатий Лойола призывал иезуитов наставлять народ «в вере, христианском учении и нравственности» как словами, так и собственным примером. Он предостерегал их от увлечения пустой учёностью и «схоластическими понятиями», рекомендуя сообразовывать свои лекции с уровнем слушателей и пытаться не просто дать им знания, но создать в их душах цельное религиозное мировоззрение, благодаря которому учащиеся смогли бы впоследствии твёрдо держаться католической веры и противостоять любым мирским и духовным соблазнам. Призывая внимательно относиться к тем искажениям католического вероучения, которые распространяются в народе протестантами, и при возможности обличать их в проповедях, Игнатий Лойола вместе с тем предостерегал иезуитов от излишнего рвения и указывал, что их защита веры не должна превращаться в борьбу с людьми, пусть даже те и являются еретиками: «...В отношении самих еретиков лично лучше являть любовь, желание их спасения и сострадание». В конце сентября 1549 г. Пётр Канизий и его коллеги покинули Рим. На некоторое время они задержались в Болонье, т.к. Игнатий Лойола пожелал, чтобы все направлявшиеся в Ингольштадт иезуиты до начала преподавания в универсмитете официально получили степень доктора теологии. Докторский экзамен Петра Канизия состоялся в Болонском университете 3 октября 1549 г. под председательством кардинала Джованни дель Монте (впоследствии папа Юлий III); он же принял экзамены у Леже и Сальмерона. 13 ноября 1549 г. иезуиты прибыли в Ингольштадт. В конце ноября 1549 г. Пётр Канизий и Сальмерон прочитали вводные публичные лекции в университете; по сообщениям современников, на эти лекции пришли многие жители Ингольштадта. Состояние образования в герцогстстве было весьма плачевным, и теологический факультет в университете находился в упадке: на лекции иезуитам удавалось собрать лишь около 15 студентов, большинство из них не имели хорошего начального образования (некоторые даже не умели читать) и были не в состоянии понимать сложные библейские толкования или схоластические богословские рассуждения преподавателей. Наиболее влиятельным в университете был юридический факультет, преподаватели и студенты которого либо вовсе не интересовались религиозными вопросами, либо симпатизировали лютеранству. В соответствии с программой, разработанной баварским канцлером Леонхардом фон Экком, который осуществлял общее руководство университетом, четыре доктора теологии должны были читать на теологическом факультете четыре курса: по Евангелию, по Посланиям св. апостола Павла, по Псалтири и по «Сентенциям» Петра Ломбардского (XII в.).