Там Пётр Канизий познакомился с тремя иезуитами: Диего Лайнесом (1512–1565 гг.), Альфонсо Сальмероном (1515–1685 гг.) и Клодом Леже (ум. в 1552 г.). Имя Петра Канизия несколько раз упоминается в дневниках и актах Собора. Пётр Канизий принимал участие не в основных заседаниях Собора (congregatio generalis), а в собраниях так называемых малых теологов (congregatio theologorum minorum), в ходе которых обсуждались различные спорные богословские вопросы; впоследствии решения таких собраний предлагались участвовавшим в основных заседаниях делегатам в качестве справочного и вспомогательного материала при разработке постановлений Собора. Пётр Канизий выступал на двух заседаниях, где рассматривались затруднения, связанные с практикой совершения таинств покаяния, священства и брака. 11 июня 1547 г. в заседаниях Тридентского собора был объявлен перерыв на неопределённый срок; Пётр Канизий рассчитывал вернуться в Германию, однако Игнатий Лойола, пожелавший лично познакомиться с ним, вызвал его в Рим. Под его руководством Пётр Канизий в Риме повторно выполнил так низываемые духовные упражнения и во второй половине 1547 г. приступил к «экспериментам», т.е. к особым послушаниям, целью которых было проверить готовность к вступлению в Орден. В качестве послушания Пётр Канизий ухаживал за больными в римских госпиталях, участвовал в раздаче милостыни и выполнял различные хозяйственные работы. В начале 1548 г. правитель Сицилии Хуан де Вега обратился к Игнатию Лойоле с предложением основать иезуитскую коллегию в Мессине; с этой целью на Сицилию была направлена группа иезуитов, в том числе Пётр Канизий. Перед отъездом Пётр Канизий дал особый письменный обет абсолютного послушания главе Общества Иисуса. В апреле 1548 г. иезуиты прибыли в Мессину и приступили к организации обучения: подобрали здание, закупили книги и собрали способных юношей. Согласно замыслу иезуитов, студенты коллегии после её окончания должны были владеть латинским и греческим языками и свободно читать древних авторов; таким образом, в коллегии давался полный курс классического образования. Пётр Канизий преподавал риторику, а также выполнял обязанности инспектора и духовника. Он начал изучать итальянский язык и к концу года уже мог по воскресеньям произносить публичные проповеди. В конце 1548 г. герцог Баварии Вильгельм IV обратился к Игнатию Лойоле с просьбой прислать образованных иезуитов для реорганизации в Ингольштадте университета, из которого герцог хотел сделать форпост католической учёности. В числе направленных в Баварию был Леже, Сальмерон и Пётр Канизий. В июне 1549 г. Пётр Канизий покинул Мессину. 4 сентября в иезуитской церкви Санта-Мария-делла-Страда в Риме он принёс монашеские обеты («последние» обеты) и был принят Игнатием Лойолой в Орден как полноправный член. Пётр Канизий стал восьмым иезуитом, который дал четвёртый обет, т.е. обет безоговорочного послушания папе Римскому. Несколькими днями ранее, 2 сентября, Пётр Канизий и его спутники были приняты папой Павлом III, который обратился к иезуитам с напутственной речью. Впоследствии Пётр Канизий утверждал, что именно в этот момент ему открылось его жизненное призвание: просвещение Германии и утверждение там католицизма.